Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Rimkla-201ENSMUST00000049994 4097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Rnf150-201ENSMUST00000078525 9682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Rab17-204ENSMUST00000131428 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ddhd1-202ENSMUST00000087320 9820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Trmt112-202ENSMUST00000116551 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Kank2-201ENSMUST00000034717 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ecm1-201ENSMUST00000029753 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Dnmt3b-210ENSMUST00000109774 4320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Gjb6-201ENSMUST00000039380 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Fam69c-201ENSMUST00000052501 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ica1l-201ENSMUST00000027172 3650 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 6430573F11Rik-205ENSMUST00000171777 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Serpinf1-201ENSMUST00000000769 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Sirpa-203ENSMUST00000103202 3982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Morc4-201ENSMUST00000033811 4412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ccbe1-202ENSMUST00000130300 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Cd151-201ENSMUST00000058746 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Fam169b-201ENSMUST00000098378 2776 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Cstf2-203ENSMUST00000113287 3661 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Dnm1-204ENSMUST00000113352 4605 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ddhd1-203ENSMUST00000111828 9802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Cpxm1-201ENSMUST00000028897 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Stk11-202ENSMUST00000105370 1474 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Pcdha11-202ENSMUST00000115657 5360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Mgarp-203ENSMUST00000141156 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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Use1Q9CQ56 Pantr2-201ENSMUST00000180589 463 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
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Use1Q9CQ56 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Mgarp-201ENSMUST00000038154 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Fthl17f-201ENSMUST00000097029 847 ntAPPRIS P1 BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Dhodh-201ENSMUST00000123605 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Steap2-205ENSMUST00000115427 3470 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 2810468N07Rik-201ENSMUST00000163493 1349 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ppp4r4-201ENSMUST00000021631 3964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Ubtf-205ENSMUST00000107119 3013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 D17Wsu92e-202ENSMUST00000114859 3522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
Use1Q9CQ56 Apoa4-201ENSMUST00000034585 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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Use1Q9CQ56 Dnajc6-205ENSMUST00000106933 5191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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Use1Q9CQ56 Mllt1-201ENSMUST00000025053 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Lamp2-201ENSMUST00000016678 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Tdrd7-201ENSMUST00000102929 3716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
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Use1Q9CQ56 Arap2-201ENSMUST00000076623 7306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
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Use1Q9CQ56 Gm45351-201ENSMUST00000210683 2545 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Smox-204ENSMUST00000110181 2299 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Loxl2-201ENSMUST00000022660 5316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Spns1-203ENSMUST00000119846 2017 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Adam23-204ENSMUST00000114103 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dkk1-201ENSMUST00000025803 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Cep57-201ENSMUST00000034398 2523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Cr1l-208ENSMUST00000194111 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Pde4dip-202ENSMUST00000090750 8376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm10584-201ENSMUST00000207036 2628 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Dnase1l2-201ENSMUST00000088506 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 1600014C10Rik-208ENSMUST00000179525 2326 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 AC121577.1-201ENSMUST00000227302 707 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
Use1Q9CQ56 Znhit1-202ENSMUST00000085941 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
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