Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ext2-201ENSMUST00000028623 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Fhdc1-205ENSMUST00000194027 1648 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Prrg2-208ENSMUST00000210690 1623 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cadps2-201ENSMUST00000018122 4723 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Krt16-201ENSMUST00000007280 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Parp6-201ENSMUST00000026267 2709 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rmnd5b-201ENSMUST00000001081 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rbck1-201ENSMUST00000028964 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Adora2a-201ENSMUST00000105420 2596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Smpd1-201ENSMUST00000046983 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Tnip2-202ENSMUST00000087737 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Zfp281-202ENSMUST00000112046 4937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rhox7b-201ENSMUST00000115156 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gemin7-204ENSMUST00000122055 609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Frmd5-213ENSMUST00000212518 922 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cidea-201ENSMUST00000025404 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm10175-201ENSMUST00000086013 645 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rhox7a-201ENSMUST00000096454 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Arrdc1-202ENSMUST00000102935 1574 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Wee1-201ENSMUST00000033326 3419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Hectd3-201ENSMUST00000050067 4583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Glb1-201ENSMUST00000063042 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rnf13-205ENSMUST00000198214 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Lrig2-207ENSMUST00000199070 5991 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Pcmt1-208ENSMUST00000162606 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Adprhl1-201ENSMUST00000033825 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Fam214b-204ENSMUST00000107958 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rundc3b-201ENSMUST00000047485 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Kcnj6-202ENSMUST00000099508 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Dhdds-203ENSMUST00000105886 1015 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Siva1-202ENSMUST00000109755 333 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Dlk1-203ENSMUST00000109842 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm27177-205ENSMUST00000184792 706 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Ly6d-201ENSMUST00000040404 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cmtm8-201ENSMUST00000047013 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Tor1b-201ENSMUST00000028199 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Tnfrsf13c-202ENSMUST00000109535 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Fut7-203ENSMUST00000114278 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Fut7-201ENSMUST00000041654 1970 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Tmem132c-201ENSMUST00000119026 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm16675-202ENSMUST00000208508 2586 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Prob1-201ENSMUST00000097619 3021 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Sh2d4a-201ENSMUST00000066594 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Pcdh1-203ENSMUST00000160721 5416 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Ggn-204ENSMUST00000208330 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 9130401M01Rik-201ENSMUST00000100655 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 1700029J07Rik-202ENSMUST00000098786 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Pde4b-208ENSMUST00000106911 3020 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Pqlc3-208ENSMUST00000222203 1706 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Wdr26-207ENSMUST00000162819 6619 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Prmt7-203ENSMUST00000109297 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Meig1-203ENSMUST00000115082 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 A430093F15Rik-205ENSMUST00000188480 509 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cmtm3-204ENSMUST00000212081 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gnmt-201ENSMUST00000002846 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Slmap-203ENSMUST00000102956 5476 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm44729-201ENSMUST00000206759 2052 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 E430018J23Rik-201ENSMUST00000074249 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cadps2-202ENSMUST00000069074 3935 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Atp6v0d1-201ENSMUST00000013304 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Phykpl-201ENSMUST00000020625 1609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Mvp-202ENSMUST00000165096 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Fmnl3-202ENSMUST00000088233 4423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Galnt6os-201ENSMUST00000160960 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cr1l-208ENSMUST00000194111 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Lmna-202ENSMUST00000036252 1536 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Met-203ENSMUST00000115443 6809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Nrg1-218ENSMUST00000209107 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Hoxaas3-202ENSMUST00000136806 2207 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 0610025J13Rik-201ENSMUST00000131324 652 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm17271-201ENSMUST00000165535 355 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Mir7036b-201ENSMUST00000184791 63 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm44945-201ENSMUST00000206764 1187 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 5033428I22Rik-203ENSMUST00000210614 952 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Gm7229-201ENSMUST00000214719 1007 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Bloc1s5-203ENSMUST00000224902 612 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 AC159295.1-201ENSMUST00000225326 940 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Crxos-201ENSMUST00000098801 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Hsd17b4-201ENSMUST00000025385 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Irf3-202ENSMUST00000107834 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Ppil1-201ENSMUST00000024802 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Mbp-206ENSMUST00000102812 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Spag16-201ENSMUST00000065425 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Foxp4-201ENSMUST00000097311 3197 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Ephb1-203ENSMUST00000149800 3471 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Traf1P39428 Slc32a1-201ENSMUST00000045738 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.5 ms