Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Sf1-204ENSMUST00000113489 2863 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Hoxd12-201ENSMUST00000001878 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Nsun7-203ENSMUST00000201100 2775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Fdx1-202ENSMUST00000214013 2759 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Tmed8-201ENSMUST00000037418 7409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Tulp1-202ENSMUST00000114794 1738 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Lrrc36-206ENSMUST00000216765 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 6030419C18Rik-202ENSMUST00000216294 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gpr85-201ENSMUST00000060442 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm28577-201ENSMUST00000176106 741 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Dsel-201ENSMUST00000035462 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Plekha1-203ENSMUST00000120441 3777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Lrrc7-205ENSMUST00000200137 7321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Spats2l-212ENSMUST00000170139 2315 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Arl4c-202ENSMUST00000159814 3997 ntAPPRIS P1 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Nfe2l1-204ENSMUST00000107659 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm26702-201ENSMUST00000181730 4570 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Slc35c2-204ENSMUST00000109300 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cflar-204ENSMUST00000114309 2010 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm26852-201ENSMUST00000180691 5751 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cpeb3-208ENSMUST00000132580 3148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Dact1-201ENSMUST00000061273 3650 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Il1rn-204ENSMUST00000114487 2474 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Arid4b-201ENSMUST00000039538 5844 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Rnf181-203ENSMUST00000114095 869 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cgrrf1-204ENSMUST00000140114 419 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Rcbtb1-201ENSMUST00000022551 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Oas1b-201ENSMUST00000086377 1832 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Mbnl2-204ENSMUST00000227012 2390 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Hps5-201ENSMUST00000014562 4953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Trappc10-201ENSMUST00000000384 5047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Atl1-201ENSMUST00000021466 5150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 A930033H14Rik-201ENSMUST00000170048 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Itgb3-201ENSMUST00000021028 5784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Zfp446-204ENSMUST00000108537 2178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Senp6-202ENSMUST00000164859 3853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ddx42-201ENSMUST00000021046 4011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Mcc-202ENSMUST00000164666 3606 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cplx2-201ENSMUST00000026985 4928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Haus3-201ENSMUST00000060049 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm36858-201ENSMUST00000194501 2391 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Myo1c-204ENSMUST00000108431 4718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Foxp2-207ENSMUST00000115477 6760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Tmx4-201ENSMUST00000038228 5488 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ttc24-201ENSMUST00000050258 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Diras2-201ENSMUST00000057442 4786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Las1l-202ENSMUST00000113864 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 2210408F21Rik-212ENSMUST00000152157 490 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Sox13-205ENSMUST00000153799 3693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cyhr1-204ENSMUST00000177359 1110 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 4930458A03Rik-201ENSMUST00000198197 961 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 AC163637.1-201ENSMUST00000215491 1894 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ppp4r4-201ENSMUST00000021631 3964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Thoc7-201ENSMUST00000065865 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Rasgef1b-206ENSMUST00000161516 2523 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 AU022751-202ENSMUST00000117544 2201 ntAPPRIS P4 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Eif4g1-204ENSMUST00000115460 5638 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Smarce1-201ENSMUST00000103133 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ankrd10-202ENSMUST00000169782 5156 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ubxn11-202ENSMUST00000074690 1573 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Dbn1-203ENSMUST00000109923 2940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Gm18733-201ENSMUST00000173950 856 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Ino80dos-204ENSMUST00000188602 678 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Npw-202ENSMUST00000213213 531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Cyp46a1-201ENSMUST00000021684 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Chst10-201ENSMUST00000027249 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 4931422A03Rik-201ENSMUST00000056170 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
Lire1P11260 Olfr571-201ENSMUST00000061738 969 ntAPPRIS P1 BASIC14.61□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.1 ms