Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Exoc6-201ENSMUST00000066439 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12017-201ENSMUST00000122453 1003 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29202-201ENSMUST00000191263 422 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38294-201ENSMUST00000192831 381 ntBASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42854-201ENSMUST00000201262 722 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp4-203ENSMUST00000205896 714 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Sbk2-205ENSMUST00000208109 1422 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Tfeb-204ENSMUST00000113288 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Stra8-201ENSMUST00000031876 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Tex13a-201ENSMUST00000096314 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Kif12-205ENSMUST00000156618 2258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Otol1-201ENSMUST00000053013 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42893-201ENSMUST00000198035 1502 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo5-201ENSMUST00000019907 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13223-201ENSMUST00000118609 747 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm3-203ENSMUST00000119158 1090 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Serpinf1-202ENSMUST00000125982 605 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16163-201ENSMUST00000161868 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Khdc3-202ENSMUST00000167514 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Cebpzos-202ENSMUST00000180077 602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8597-201ENSMUST00000191525 1109 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Lamtor1-202ENSMUST00000193465 661 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43767-201ENSMUST00000198933 381 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10747-201ENSMUST00000217799 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhg3-207ENSMUST00000219063 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2788-204ENSMUST00000209288 1966 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr41-201ENSMUST00000056512 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8096-201ENSMUST00000209921 1591 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb1-201ENSMUST00000030940 3131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Slc7a15-204ENSMUST00000165657 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Slc7a15-202ENSMUST00000095863 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ruvbl2-205ENSMUST00000211214 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Mbp-206ENSMUST00000102812 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Mrto4-202ENSMUST00000102503 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13015-201ENSMUST00000118674 204 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 9130230N09Rik-201ENSMUST00000174568 663 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 4930448I06Rik-201ENSMUST00000194002 546 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 1700017L05Rik-201ENSMUST00000201654 558 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5779-201ENSMUST00000218467 910 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Rbfox2-208ENSMUST00000227930 1218 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Lcn5-201ENSMUST00000028306 696 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Slc13a3-202ENSMUST00000109279 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Hivep3-201ENSMUST00000084306 2973 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Atp2a2-201ENSMUST00000031423 4486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Pxk-205ENSMUST00000225653 2765 ntAPPRIS P2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Pimreg-201ENSMUST00000021164 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Dsn1-201ENSMUST00000103129 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 1810032O08Rik-206ENSMUST00000144049 966 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10044-204ENSMUST00000170177 659 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17399-201ENSMUST00000181824 1181 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Mir7023-201ENSMUST00000185093 64 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6594-201ENSMUST00000097278 288 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp3-201ENSMUST00000062801 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrfip2-207ENSMUST00000197256 1819 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Kansl1l-201ENSMUST00000068168 4459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Renbp-201ENSMUST00000114379 1318 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Asb10-203ENSMUST00000119657 1536 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng2-204ENSMUST00000102873 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ephb1-203ENSMUST00000149800 3471 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15693-201ENSMUST00000120470 637 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14104-201ENSMUST00000135990 356 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27622-201ENSMUST00000183779 60 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 G430095P16Rik-201ENSMUST00000098571 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q10-201ENSMUST00000068291 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo15-204ENSMUST00000224467 1908 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Rfc3-201ENSMUST00000038131 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Comt-202ENSMUST00000115609 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Fam110a-201ENSMUST00000062047 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd16b-201ENSMUST00000069649 1775 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 2610027K06Rik-203ENSMUST00000140673 2076 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Mccc2-201ENSMUST00000022148 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Htatsf1-201ENSMUST00000088652 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7l2-203ENSMUST00000117784 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc15-204ENSMUST00000106973 650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ppil3-203ENSMUST00000114348 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Mvk-206ENSMUST00000137167 1049 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm33785-201ENSMUST00000222961 886 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Selenov-201ENSMUST00000056589 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Apol7d-201ENSMUST00000097699 826 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r8-201ENSMUST00000030702 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ecel1-203ENSMUST00000160810 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Tex261-201ENSMUST00000014892 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Gss-201ENSMUST00000079691 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Chpt1-201ENSMUST00000020253 3898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Pdpk1-201ENSMUST00000052462 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Slc36a3os-201ENSMUST00000155883 520 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20444-201ENSMUST00000174014 648 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Ccdc88bQ4QRL3 Prss29-201ENSMUST00000024993 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms