Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Sgms1-201ENSMUST00000099514 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Acbd5-204ENSMUST00000114529 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 AL691505.1-201ENSMUST00000219965 1618 ntTSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Bclaf3-201ENSMUST00000057180 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Arap3-201ENSMUST00000042944 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Asic4-201ENSMUST00000037708 2464 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ppp1r11-201ENSMUST00000040402 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Rpl5-201ENSMUST00000082223 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pld4-201ENSMUST00000063888 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Slc4a5-202ENSMUST00000113899 5039 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Max-202ENSMUST00000110395 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pla2g16-203ENSMUST00000136756 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Usp43-201ENSMUST00000021288 4462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 B3galt6-201ENSMUST00000052185 3184 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Elmo2-202ENSMUST00000074046 3502 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Fnbp1-208ENSMUST00000113560 4726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Tatdn2-205ENSMUST00000204753 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Mllt1-201ENSMUST00000025053 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm2694-204ENSMUST00000181898 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Dennd1a-201ENSMUST00000102787 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm15794-201ENSMUST00000120182 631 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm12963-201ENSMUST00000131846 783 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Slc19a2-204ENSMUST00000169394 894 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ankrd23-204ENSMUST00000194853 1073 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Dnajb8-201ENSMUST00000061866 990 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Rcor1-202ENSMUST00000116388 2720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ppp4r3a-202ENSMUST00000163095 4083 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Stard7-201ENSMUST00000110374 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Igfbp1-201ENSMUST00000020704 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Spire2-202ENSMUST00000212404 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm3045-201ENSMUST00000212844 1825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Wwc2-201ENSMUST00000057561 8678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pik3c2b-201ENSMUST00000077730 7928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Mis12-206ENSMUST00000164220 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pcdha5-201ENSMUST00000192168 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Aatk-202ENSMUST00000103019 5177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Cep19-202ENSMUST00000115168 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pqlc3-208ENSMUST00000222203 1706 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Eif2b1-201ENSMUST00000031334 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Sigirr-201ENSMUST00000097958 1990 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pcdhgc4-203ENSMUST00000195239 2272 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Slc35e4-202ENSMUST00000109995 3063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Slc35e4-201ENSMUST00000051207 3059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Chpf-202ENSMUST00000094818 3065 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Kmt5b-213ENSMUST00000176262 3933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Insc-201ENSMUST00000117543 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Psma3-204ENSMUST00000160864 859 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm6443-201ENSMUST00000203599 874 ntBASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Pnmt-201ENSMUST00000041301 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Abraxas1-202ENSMUST00000055245 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Spag16-201ENSMUST00000065425 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Dclk2-201ENSMUST00000029719 4012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Sema6d-201ENSMUST00000051419 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Rubcn-201ENSMUST00000040986 5257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Prkab1-202ENSMUST00000111999 2026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gnb2-203ENSMUST00000111023 1471 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Zfp553-201ENSMUST00000056232 3043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Selplg-201ENSMUST00000100874 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm15939-201ENSMUST00000160756 2147 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Cspg5-204ENSMUST00000197850 7868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Smarca5-201ENSMUST00000043359 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Sesn1-202ENSMUST00000099931 3809 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Grin3b-201ENSMUST00000045085 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Aaed1-207ENSMUST00000222570 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Entpd6-201ENSMUST00000094467 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Tango6-202ENSMUST00000211979 2722 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Slc5a5-201ENSMUST00000000809 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Ccl27a-202ENSMUST00000108032 350 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Uqcc2-203ENSMUST00000119227 452 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Usp39Q3TIX9 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.5 ms