Protein–RNA interactions for Protein: Q6PFF0

Scaf4, SR-related CTD-associated factor 4, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,209 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scaf4Q6PFF0 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Scaf4Q6PFF0 Hpse-201ENSMUST00000045617 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Scaf4Q6PFF0 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Scaf4Q6PFF0 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Scaf4Q6PFF0 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ddx20-201ENSMUST00000090680 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Casp8ap2-201ENSMUST00000029950 6799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm20422-202ENSMUST00000149782 956 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Myl6-206ENSMUST00000218127 691 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Cadm1-201ENSMUST00000034581 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Atf4-201ENSMUST00000109605 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Prss41-204ENSMUST00000151797 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Mis12-201ENSMUST00000048807 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Synrg-201ENSMUST00000049714 3995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Crem-234ENSMUST00000154470 1996 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Cr1l-208ENSMUST00000194111 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Rom1-201ENSMUST00000096242 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gde1-201ENSMUST00000038791 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Lipo3-202ENSMUST00000112508 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Csad-201ENSMUST00000023805 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Runx2-213ENSMUST00000162878 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Fam84b-201ENSMUST00000100635 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Cyp2f2-201ENSMUST00000003100 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Dnajc28-201ENSMUST00000049244 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Has3-202ENSMUST00000175987 1154 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Zfp90-203ENSMUST00000212606 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Pcbp3-201ENSMUST00000001148 2013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Cacnb1-201ENSMUST00000017552 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Shpk-201ENSMUST00000006105 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Zfp13-201ENSMUST00000057029 2139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Alx1-204ENSMUST00000217946 1542 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Usp53-201ENSMUST00000090379 6185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Tomm34-201ENSMUST00000018466 2302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Hdhd2-203ENSMUST00000097522 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Plcb1-205ENSMUST00000131552 7202 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Pld2-202ENSMUST00000108556 3391 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Acbd5-206ENSMUST00000155602 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gck-202ENSMUST00000109822 1786 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Sacm1l-201ENSMUST00000026270 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Sphk1-204ENSMUST00000106386 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Atp11b-201ENSMUST00000029257 4868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Sgta-202ENSMUST00000218208 1964 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm37912-201ENSMUST00000191895 3076 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Sybu-207ENSMUST00000227305 3124 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ppp2r1a-201ENSMUST00000007708 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Cacna2d2-202ENSMUST00000085092 5183 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 9130024F11Rik-202ENSMUST00000185204 2628 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Slc44a3-201ENSMUST00000039197 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ubl7-201ENSMUST00000163329 1364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 4930513N10Rik-203ENSMUST00000145562 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Mtus2-204ENSMUST00000110514 1532 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm5049-201ENSMUST00000195878 1590 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Dnm1l-203ENSMUST00000115749 4068 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Dnm1l-202ENSMUST00000096229 4056 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Iqcb1-201ENSMUST00000023535 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Hnrnpm-201ENSMUST00000087582 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Pnma1-201ENSMUST00000061425 2359 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Daxx-201ENSMUST00000079421 2580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Pcdha2-201ENSMUST00000115662 5361 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Afg3l2-201ENSMUST00000025408 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Hyou1-204ENSMUST00000160902 3374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Eftud2-202ENSMUST00000107060 3339 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm1673-202ENSMUST00000114382 451 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Papd5-202ENSMUST00000118952 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm13420-201ENSMUST00000129574 1091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ccbe1-202ENSMUST00000130300 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Gm16565-201ENSMUST00000159138 2181 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Sfta3-ps-205ENSMUST00000220379 2187 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Trip10-202ENSMUST00000224152 1812 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Padi4-201ENSMUST00000026381 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Scaf4Q6PFF0 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.8 ms