Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Rac3-201ENSMUST00000018156 1076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef33-209ENSMUST00000225223 714 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2al-201ENSMUST00000091708 339 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 3110082I17Rik-201ENSMUST00000066052 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Scube1-202ENSMUST00000043634 5161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Spef1-201ENSMUST00000028801 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-207ENSMUST00000105343 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7336-201ENSMUST00000107041 1232 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp74-203ENSMUST00000108211 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Romo1-203ENSMUST00000109598 362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Rps13-ps4-201ENSMUST00000117927 456 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Rps13-ps5-201ENSMUST00000117939 456 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15483-201ENSMUST00000120338 456 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Umad1-206ENSMUST00000160705 624 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tm7sf2-209ENSMUST00000161528 732 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Guca2b-201ENSMUST00000044426 605 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Iqcb1-201ENSMUST00000023535 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx2-203ENSMUST00000111144 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Bcs1l-201ENSMUST00000027358 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Osr2-201ENSMUST00000022952 1724 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp6-201ENSMUST00000045674 2859 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20949-201ENSMUST00000206478 952 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 AC131710.1-201ENSMUST00000228336 990 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dnal1-201ENSMUST00000046340 790 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr41-205ENSMUST00000160801 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tcf3-203ENSMUST00000105339 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34016-201ENSMUST00000222678 1384 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan3-201ENSMUST00000070785 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Chac1-201ENSMUST00000028780 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Vkorc1l1-203ENSMUST00000201855 4809 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp13-202ENSMUST00000119866 1342 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf17-202ENSMUST00000227123 1336 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Hmga1-201ENSMUST00000114888 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Card9-202ENSMUST00000100303 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Slpi-201ENSMUST00000109367 876 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 2410080I02Rik-201ENSMUST00000142712 414 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dlk2-203ENSMUST00000166617 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Nop56-202ENSMUST00000103198 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tulp2-205ENSMUST00000107762 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Smim10l1-201ENSMUST00000100864 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r13b-201ENSMUST00000054815 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2ab1-201ENSMUST00000023513 2720 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Miip-206ENSMUST00000172710 1769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Il6st-206ENSMUST00000183886 3004 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gna15-201ENSMUST00000043709 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Nespas-202ENSMUST00000150276 1262 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 AC155937.1-202ENSMUST00000156229 621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Idh2-207ENSMUST00000206714 392 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 1700018B24Rik-201ENSMUST00000036023 593 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl2-201ENSMUST00000042775 1014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11696-201ENSMUST00000070956 2765 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Leprotl1-201ENSMUST00000033910 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Mob4-202ENSMUST00000159311 1816 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Sphk1-204ENSMUST00000106386 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Rflna-203ENSMUST00000197746 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Men1-206ENSMUST00000113502 2652 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Cmc2-202ENSMUST00000128304 394 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13883-202ENSMUST00000151310 1156 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm23547-201ENSMUST00000158210 271 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22175-201ENSMUST00000175007 78 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26771-201ENSMUST00000180472 1082 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10253-201ENSMUST00000194270 940 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7774-201ENSMUST00000200064 533 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Rtl8c-201ENSMUST00000063384 401 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Disc1-205ENSMUST00000117658 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Ext2-201ENSMUST00000028623 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Oas1b-201ENSMUST00000086377 1832 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl19-204ENSMUST00000188580 2601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2810-201ENSMUST00000118681 990 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29541-201ENSMUST00000191351 678 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
Ccdc88bQ4QRL3 Mdp1-201ENSMUST00000002400 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20482-201ENSMUST00000172746 1644 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Lat2-201ENSMUST00000036362 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Adnp2-201ENSMUST00000066743 5012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r1a-201ENSMUST00000023133 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10501-201ENSMUST00000151136 2200 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgef1c-202ENSMUST00000093141 2120 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Haghl-207ENSMUST00000140738 1194 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37277-201ENSMUST00000194052 1111 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 AC126408.1-201ENSMUST00000225184 523 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gzma-201ENSMUST00000023897 878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr324-201ENSMUST00000054683 1122 ntAPPRIS P2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Ccdc88bQ4QRL3 Cbln3-202ENSMUST00000172378 1438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.9 ms