Protein–RNA interactions for Protein: A2APF3

Ctcfl, Transcriptional repressor CTCFL, mousemouse

Predictions only

Length 636 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcflA2APF3 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Mfsd6-201ENSMUST00000087701 3493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Irak2-203ENSMUST00000089023 1734 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Tmem30b-201ENSMUST00000042975 2991 ntAPPRIS P1 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Lrrc56-201ENSMUST00000047093 2197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Miat-205ENSMUST00000182953 9163 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Tex264-201ENSMUST00000046735 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Slc22a1-201ENSMUST00000024596 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Nxnl1-202ENSMUST00000163659 2730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Loxl2-202ENSMUST00000100420 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gpt2-201ENSMUST00000034136 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Bbx-204ENSMUST00000114477 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Thumpd1-201ENSMUST00000033236 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gabbr1-202ENSMUST00000172789 1460 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Robo4-205ENSMUST00000214185 4952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Fdx1-202ENSMUST00000214013 2759 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Rps6kl1-201ENSMUST00000019379 2304 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Opa1-206ENSMUST00000160597 6230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Sec14l1-201ENSMUST00000021177 2866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Arrdc1-202ENSMUST00000102935 1574 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Snx11-201ENSMUST00000021246 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Ushbp1-201ENSMUST00000049184 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Rnf138-201ENSMUST00000052396 3110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm16998-201ENSMUST00000181899 1230 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Vrk3-201ENSMUST00000002275 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Snph-204ENSMUST00000109877 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Parp10-202ENSMUST00000165738 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cacnb1-201ENSMUST00000017552 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Eif4g3-215ENSMUST00000203828 5289 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Pard3-202ENSMUST00000079777 3394 ntTSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Disc1-207ENSMUST00000121953 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Prss36-201ENSMUST00000094026 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Foxred2-201ENSMUST00000016696 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm2788-204ENSMUST00000209288 1966 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Pptc7-202ENSMUST00000119015 2233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cdk2-201ENSMUST00000026415 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Zfp36l2-201ENSMUST00000060366 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Spdef-201ENSMUST00000025054 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Edem3-202ENSMUST00000187951 3115 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Zkscan3-201ENSMUST00000070785 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Ttc13-210ENSMUST00000214828 3301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Ascl5-201ENSMUST00000180436 567 ntAPPRIS P1 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cage1-202ENSMUST00000089840 3449 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 4930431F12Rik-202ENSMUST00000199309 2263 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Alas1-207ENSMUST00000141118 3399 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cacna1g-207ENSMUST00000107789 8383 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Trappc12-203ENSMUST00000170994 2818 ntTSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Lmx1b-201ENSMUST00000041730 4790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Rnf44-211ENSMUST00000134862 3797 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Apoa4-201ENSMUST00000034585 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Dok1-201ENSMUST00000089651 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Elavl3-203ENSMUST00000215901 3037 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm45133-201ENSMUST00000207548 2773 ntBASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cdr2l-201ENSMUST00000053288 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Pak4-202ENSMUST00000108283 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cpxm1-201ENSMUST00000028897 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Lifr-201ENSMUST00000067190 4143 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Ccdc157-202ENSMUST00000101626 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gpr157-201ENSMUST00000094451 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Card9-201ENSMUST00000028294 1880 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Sec24a-203ENSMUST00000109092 2094 ntTSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Mus81-202ENSMUST00000124334 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 2610027K06Rik-203ENSMUST00000140673 2076 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Mta3-203ENSMUST00000112350 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Ccny-201ENSMUST00000053917 4017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Kdm5c-203ENSMUST00000112588 6449 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Dzip3-201ENSMUST00000114516 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Bag6-202ENSMUST00000166426 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.14
CtcflA2APF3 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC14.17□□□□□ -0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.2 ms