Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Tm4sf4-201ENSMUST00000029377 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Rnf139-201ENSMUST00000036904 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Ch25h-201ENSMUST00000050562 1350 ntAPPRIS P1 BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm13418-201ENSMUST00000119097 944 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm13830-202ENSMUST00000144202 381 ntTSL 3 BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm26646-202ENSMUST00000205705 439 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Erp27-201ENSMUST00000032343 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Snrnp25-201ENSMUST00000039601 821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Igflr1-201ENSMUST00000043850 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Zfp384-208ENSMUST00000112428 3132 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm43072-201ENSMUST00000200283 1671 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm19430-201ENSMUST00000193847 2137 ntBASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Usp43-201ENSMUST00000021288 4462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Afg1l-201ENSMUST00000041024 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Anks1-203ENSMUST00000114842 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Pdk1-201ENSMUST00000006669 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Pitpna-203ENSMUST00000143219 3761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Oas1g-201ENSMUST00000086368 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Itpkc-201ENSMUST00000003850 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Eif4g1-202ENSMUST00000073840 5394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
ShhQ62226 D430001F17Rik-201ENSMUST00000141344 1858 ntTSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Loxl4-205ENSMUST00000171432 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Eml5-210ENSMUST00000223282 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Phkg2-202ENSMUST00000121004 1840 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Hsdl2-201ENSMUST00000030078 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Zfp800-202ENSMUST00000115320 4311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Nfkbid-201ENSMUST00000046177 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 4931406C07Rik-209ENSMUST00000217042 691 ntTSL 3 BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Pfn3-201ENSMUST00000054146 545 ntAPPRIS P1 BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Chmp2a-201ENSMUST00000005711 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Commd5-201ENSMUST00000068407 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Kcnj14-201ENSMUST00000071937 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Umad1-202ENSMUST00000159335 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Jdp2-202ENSMUST00000171754 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Arhgef10l-201ENSMUST00000039204 4493 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Ankrd61-202ENSMUST00000110717 1498 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.5□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Wnt10b-206ENSMUST00000228546 2709 ntBASIC14.5□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm14261-201ENSMUST00000145105 1429 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Pofut2-201ENSMUST00000020493 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Wnk1-202ENSMUST00000060043 10575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Ogfod3-201ENSMUST00000026169 1308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Tal1-201ENSMUST00000030489 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Tubb4b-201ENSMUST00000043584 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Thap7-201ENSMUST00000100125 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm11795-201ENSMUST00000127180 396 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Tmem141-205ENSMUST00000142087 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Smarcd1-201ENSMUST00000023759 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Rasgrp1-207ENSMUST00000178884 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Ppp2r1b-211ENSMUST00000176798 2074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Tfdp2-201ENSMUST00000034982 7354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
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ShhQ62226 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Nmur1-203ENSMUST00000212541 1534 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Cyp2w1-201ENSMUST00000031521 1512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Edn3-203ENSMUST00000140908 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 1700023H06Rik-201ENSMUST00000161006 1044 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Ten1-201ENSMUST00000021130 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Elof1-203ENSMUST00000213233 810 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Wdyhv1-204ENSMUST00000226955 1094 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Orc6-201ENSMUST00000034132 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Sfxn5-202ENSMUST00000059034 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Aurkaip1-201ENSMUST00000084097 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Slc35e4-202ENSMUST00000109995 3063 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Slc35e4-201ENSMUST00000051207 3059 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm6858-201ENSMUST00000208582 1468 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Gm16675-202ENSMUST00000208508 2586 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Cdkl3-209ENSMUST00000120374 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Trappc11-202ENSMUST00000120987 2060 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Slc24a4-202ENSMUST00000159329 4465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Ugcg-201ENSMUST00000030074 4012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
ShhQ62226 Ntrk2-205ENSMUST00000224402 2284 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
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