Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Cyp2d40-201ENSMUST00000055721 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Slc9a6-202ENSMUST00000114784 4449 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Tmem214-201ENSMUST00000114716 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Slc6a17-208ENSMUST00000169449 6322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Slc6a17-201ENSMUST00000029499 6308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Mta1-203ENSMUST00000109723 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Mta1-204ENSMUST00000109726 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Mta1-205ENSMUST00000109727 2789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Lrr1-201ENSMUST00000110621 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Apoa5-202ENSMUST00000121598 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Dnajc3-201ENSMUST00000022734 5141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Rrbp1-201ENSMUST00000016072 5177 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Gm13403-202ENSMUST00000134271 674 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Gm39228-201ENSMUST00000212456 301 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Rpl8-201ENSMUST00000004072 862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Mael-202ENSMUST00000194057 1691 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Hoxb5-201ENSMUST00000049272 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Tacc1-201ENSMUST00000084030 7788 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Sept8-201ENSMUST00000108987 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Mbnl1-201ENSMUST00000099087 5655 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Fam126b-201ENSMUST00000038372 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Snx2-201ENSMUST00000037850 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
Col6a1Q04857 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Penk-201ENSMUST00000070375 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Snip1-201ENSMUST00000052183 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Fars2-205ENSMUST00000224241 1665 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Ttc13-202ENSMUST00000117624 3096 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Casp3-204ENSMUST00000211115 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Mir6990-201ENSMUST00000183724 91 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Tma7-203ENSMUST00000192801 386 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm31105-201ENSMUST00000211421 687 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm5626-201ENSMUST00000222151 1058 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gapdh-201ENSMUST00000073605 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Prr5l-201ENSMUST00000043845 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Cacna1b-204ENSMUST00000102939 9736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Tmem37-201ENSMUST00000056089 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Espnl-201ENSMUST00000088904 5445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm10532-201ENSMUST00000181913 2301 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Disc1-201ENSMUST00000074562 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Disc1-203ENSMUST00000098311 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Col18a1-202ENSMUST00000081654 5063 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Acap3-202ENSMUST00000105584 4365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Rab3a-202ENSMUST00000110090 1375 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Best4-ps-201ENSMUST00000129783 1380 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Klk10-201ENSMUST00000014058 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Ankrd16-201ENSMUST00000056108 1618 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Aurka-202ENSMUST00000109139 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Aurka-201ENSMUST00000028997 1905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Kcna6-204ENSMUST00000185333 5836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm11185-201ENSMUST00000117732 1007 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm11745-201ENSMUST00000121669 448 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Rpl26-206ENSMUST00000167436 606 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm27301-201ENSMUST00000184012 127 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Mir7036b-201ENSMUST00000184791 63 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm43474-201ENSMUST00000196415 774 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Ino80e-214ENSMUST00000206349 883 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 AC093926.2-201ENSMUST00000214468 1228 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Sirt4-202ENSMUST00000112067 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gramd3-201ENSMUST00000070166 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Atp2b2-201ENSMUST00000089003 7067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Sptbn4-202ENSMUST00000108362 4861 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Rps6kb2-202ENSMUST00000118483 1409 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Cachd1-202ENSMUST00000097955 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Abl1-202ENSMUST00000075759 6327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm3252-201ENSMUST00000165619 1949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Mrto4-202ENSMUST00000102503 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Zglp1-201ENSMUST00000115494 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Col6a1Q04857 Gm7787-201ENSMUST00000216858 688 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.2 ms