Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Bend5-201ENSMUST00000030274 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Olah-202ENSMUST00000115087 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Taf6l-206ENSMUST00000176610 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4425-201ENSMUST00000172838 2857 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Rab9-202ENSMUST00000112091 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Runx2-203ENSMUST00000113572 6463 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Sox13-201ENSMUST00000094551 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Asap2-201ENSMUST00000050990 3345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gdap1l1-203ENSMUST00000109421 1206 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4995-201ENSMUST00000117247 432 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12999-201ENSMUST00000124471 485 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ighv1-15-201ENSMUST00000192077 351 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Csrp2-207ENSMUST00000220409 780 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Six3os1-212ENSMUST00000177220 5601 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Slc12a5-201ENSMUST00000099092 6028 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ckb-201ENSMUST00000001304 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 2810474O19Rik-209ENSMUST00000189932 5269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Slc22a16-202ENSMUST00000078314 2269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Washc1-202ENSMUST00000116556 2887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Fam160b1-201ENSMUST00000036407 5630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 4933436I20Rik-201ENSMUST00000189405 1434 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Erg-207ENSMUST00000171646 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Hpn-201ENSMUST00000039435 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gusb-203ENSMUST00000111308 2038 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26613-201ENSMUST00000180919 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Nap1l1-206ENSMUST00000219143 1365 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ilkap-201ENSMUST00000027534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Msantd3-202ENSMUST00000064807 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 AC084391.1-201ENSMUST00000200651 141 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 1700012D14Rik-201ENSMUST00000209597 605 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Lhfpl3-202ENSMUST00000197992 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef10l-201ENSMUST00000039204 4493 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Rgl3-201ENSMUST00000045726 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Lhpp-201ENSMUST00000033241 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Nek2-201ENSMUST00000027931 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d19-201ENSMUST00000037337 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 9530059O14Rik-202ENSMUST00000181682 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gjb1-203ENSMUST00000119190 1585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem117-201ENSMUST00000080141 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Scamp3-203ENSMUST00000120697 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29455-202ENSMUST00000186697 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Bhlhb9-201ENSMUST00000068755 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem57-201ENSMUST00000030628 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl46-201ENSMUST00000032841 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Epc1-202ENSMUST00000050542 565 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h3g-201ENSMUST00000080859 530 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp691-204ENSMUST00000179290 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Apeh-206ENSMUST00000193254 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 B230219D22Rik-201ENSMUST00000057844 4652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ppif-201ENSMUST00000022419 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Rom1-201ENSMUST00000096242 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Rab33b-201ENSMUST00000054387 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp862-ps-203ENSMUST00000203848 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tfap2d-201ENSMUST00000037294 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Lca5l-202ENSMUST00000113804 3162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ada-201ENSMUST00000017841 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Rwdd2b-201ENSMUST00000039101 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Psen2-203ENSMUST00000111105 1575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Pitx2-206ENSMUST00000174623 1493 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Ggnbp2-203ENSMUST00000108081 3034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Fam3a-203ENSMUST00000114139 931 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13962-201ENSMUST00000131512 611 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm31545-201ENSMUST00000209358 1219 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 AC154621.1-201ENSMUST00000226155 1119 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Tsfm-201ENSMUST00000040560 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Klk14-201ENSMUST00000056329 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnph1-202ENSMUST00000077817 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr1272-201ENSMUST00000099750 927 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Adnp-201ENSMUST00000057793 4917 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Trim28-201ENSMUST00000005705 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ccdc3Q9D6Y1 Kat5-201ENSMUST00000113641 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.6 ms