Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm1-204ENSMUST00000114548 4482 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Pde8b-201ENSMUST00000022192 2517 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5745-201ENSMUST00000183748 313 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Mcee-203ENSMUST00000206194 532 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc88c-204ENSMUST00000223097 1253 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Alkbh7-201ENSMUST00000002737 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1c-201ENSMUST00000047055 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc2-201ENSMUST00000049389 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan32-204ENSMUST00000105923 1499 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc84-202ENSMUST00000213813 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Bclaf3-201ENSMUST00000057180 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34419-201ENSMUST00000211383 1387 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tsc22d3-203ENSMUST00000112996 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm34-201ENSMUST00000018466 2302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Snai3-201ENSMUST00000006762 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Atf7ip2-202ENSMUST00000100191 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Atf7ip2-203ENSMUST00000117220 1230 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp511-201ENSMUST00000168194 1076 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb4-208ENSMUST00000193050 423 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Nmur1-202ENSMUST00000212058 1287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 App-201ENSMUST00000005406 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Rgl3-201ENSMUST00000045726 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Chgb-201ENSMUST00000028826 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrfip2-202ENSMUST00000098340 3191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 2310011J03Rik-201ENSMUST00000020341 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm3-201ENSMUST00000005470 2518 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tpm3-205ENSMUST00000121503 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tctn3-202ENSMUST00000132452 1271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 1190007I07Rik-204ENSMUST00000183416 637 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 H2-K1-202ENSMUST00000087189 579 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Aqp1-201ENSMUST00000004774 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Elavl3-203ENSMUST00000215901 3037 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Efcab14-204ENSMUST00000106525 2792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Apeh-206ENSMUST00000193254 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Eml2-201ENSMUST00000048502 2275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5089-201ENSMUST00000081580 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Park7-204ENSMUST00000105675 882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14268-201ENSMUST00000132465 682 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr1344-201ENSMUST00000168341 1061 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Esd-207ENSMUST00000176957 1117 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb561d2-205ENSMUST00000195235 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Klrg2-202ENSMUST00000201345 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan32-211ENSMUST00000207211 1220 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 G0s2-201ENSMUST00000009777 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Idh3b-201ENSMUST00000028892 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Vrk3-201ENSMUST00000002275 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Trim63-201ENSMUST00000030638 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h4n-201ENSMUST00000102979 430 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h4m-201ENSMUST00000104941 402 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6973-201ENSMUST00000117080 721 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12981-201ENSMUST00000131733 622 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Crem-221ENSMUST00000142690 1256 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tmprss5-204ENSMUST00000167095 1146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Pcolce-201ENSMUST00000031731 1626 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6018-201ENSMUST00000216090 1306 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tacstd2-201ENSMUST00000058178 1735 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Pltp-201ENSMUST00000059954 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Myog-201ENSMUST00000027730 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf13b-202ENSMUST00000101103 750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Dhdds-202ENSMUST00000105885 998 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Dph3-205ENSMUST00000124303 809 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 AA543401-201ENSMUST00000164248 1269 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18057-201ENSMUST00000208220 503 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cd3g-201ENSMUST00000002101 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Rps10-201ENSMUST00000025052 519 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16675-202ENSMUST00000208508 2586 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29208-203ENSMUST00000213687 2219 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Coq6-203ENSMUST00000110278 1354 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a13-202ENSMUST00000079976 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gyg-203ENSMUST00000178328 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Evx1-201ENSMUST00000031787 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3045-201ENSMUST00000212844 1825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Bricd5-202ENSMUST00000164508 701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 A4galt-202ENSMUST00000164614 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Nfya-206ENSMUST00000160319 1407 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Adck2-201ENSMUST00000051249 2287 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt5-203ENSMUST00000220576 1579 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Rft1-201ENSMUST00000064230 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Dera-201ENSMUST00000087675 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Slfnl1-201ENSMUST00000062990 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Ccdc88bQ4QRL3 Il6st-208ENSMUST00000184311 2985 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhb1-202ENSMUST00000107043 931 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr38-202ENSMUST00000112872 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan5-203ENSMUST00000121826 1114 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 1700086L19Rik-202ENSMUST00000185822 1028 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7556-201ENSMUST00000201178 1084 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Pde6g-201ENSMUST00000026452 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Prg3-201ENSMUST00000028466 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 2610318N02Rik-201ENSMUST00000093336 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 AC154767.3-201ENSMUST00000225150 1342 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Egfl7-212ENSMUST00000166920 1391 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Ccdc88bQ4QRL3 Mageh1-201ENSMUST00000051484 1410 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.1 ms