Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc10-202ENSMUST00000068259 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Alx1-204ENSMUST00000217946 1542 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr86-201ENSMUST00000068693 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Arntl2-204ENSMUST00000111639 2923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Stk33-203ENSMUST00000121378 1304 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem37-201ENSMUST00000056089 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Fam53b-204ENSMUST00000106165 1232 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 AA465934-202ENSMUST00000176545 356 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29683-202ENSMUST00000208511 720 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Mdh2-201ENSMUST00000019323 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Plppr3-207ENSMUST00000167250 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Rhot1-201ENSMUST00000017831 3029 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt18-203ENSMUST00000228768 1578 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Dcaf13-201ENSMUST00000022909 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Arpp19-210ENSMUST00000170308 429 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs6-204ENSMUST00000223293 757 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ttll9-202ENSMUST00000103155 1552 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Rab17-204ENSMUST00000131428 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Pigl-201ENSMUST00000014389 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkl3-209ENSMUST00000120374 2770 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gadd45gip1-201ENSMUST00000036734 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc8-205ENSMUST00000105939 746 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Hpca-207ENSMUST00000139450 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 A530058N18Rik-205ENSMUST00000143993 550 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26803-201ENSMUST00000181705 2011 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt2-203ENSMUST00000106421 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Tmed1-201ENSMUST00000034698 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Dennd2a-201ENSMUST00000036877 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Mtg2-201ENSMUST00000087563 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25948-201ENSMUST00000175334 112 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf181-201ENSMUST00000069580 1434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Pqbp1-202ENSMUST00000115654 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Mepce-201ENSMUST00000031740 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Hp1bp3-205ENSMUST00000105827 5155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Rprl2-201ENSMUST00000157150 290 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17455-201ENSMUST00000164428 855 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ucn-202ENSMUST00000201184 499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 CT030684.1-201ENSMUST00000227292 914 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35a1-201ENSMUST00000029970 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Stap2-201ENSMUST00000043785 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Acin1-224ENSMUST00000167015 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Trnt1-201ENSMUST00000057578 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Ppcs-202ENSMUST00000106316 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Trip6-203ENSMUST00000199121 366 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Arf5-201ENSMUST00000020717 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 AC166341.4-201ENSMUST00000220625 123 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem108-204ENSMUST00000189588 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a23-201ENSMUST00000040280 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Ccdc88bQ4QRL3 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa2b1-201ENSMUST00000069949 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Atf6b-202ENSMUST00000173984 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Erg-207ENSMUST00000171646 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Tssc4-201ENSMUST00000060433 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl34-ps1-201ENSMUST00000121998 354 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 AC121788.1-202ENSMUST00000218801 871 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr1410-201ENSMUST00000079790 969 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl34-ps2-201ENSMUST00000081679 354 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10154-201ENSMUST00000084445 354 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 D930028M14Rik-201ENSMUST00000098678 1003 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Pnpt1-201ENSMUST00000020756 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Pias3-201ENSMUST00000064900 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Srgn-204ENSMUST00000160987 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Cct7-201ENSMUST00000032078 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2e2-201ENSMUST00000167264 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13410-201ENSMUST00000117058 1415 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt4-201ENSMUST00000020217 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 1600020E01Rik-207ENSMUST00000204738 1997 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Tes-202ENSMUST00000115467 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Snap91-201ENSMUST00000036347 4237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Vmn1r17-204ENSMUST00000228294 2084 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2b2-201ENSMUST00000004910 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Hagh-202ENSMUST00000118788 1191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Xrcc2-204ENSMUST00000134972 464 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Nnat-209ENSMUST00000173793 386 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26769-201ENSMUST00000180469 619 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29520-201ENSMUST00000191209 1067 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Agpat1-202ENSMUST00000114140 1941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Agpat1-208ENSMUST00000174595 1911 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Tspyl2-201ENSMUST00000044509 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Tm9sf1-203ENSMUST00000121791 2148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc5-201ENSMUST00000086216 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb25-204ENSMUST00000176278 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Ccdc88bQ4QRL3 Wfikkn1-201ENSMUST00000095487 1981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.1 ms