Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Slc25a29-201ENSMUST00000021693 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Rab32-201ENSMUST00000019974 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Pofut2-201ENSMUST00000020493 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Arfgap2-202ENSMUST00000080008 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Eda-206ENSMUST00000113779 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Ppp1r2-201ENSMUST00000060188 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Zfp42-202ENSMUST00000209356 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Dynlt1c-201ENSMUST00000092966 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Mir770-201ENSMUST00000103252 94 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Apopt1-204ENSMUST00000163220 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Rnf13-209ENSMUST00000199041 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 1600020E01Rik-207ENSMUST00000204738 1997 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Asic1-205ENSMUST00000228185 1818 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Ube2d2b-201ENSMUST00000072578 1678 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Usp39Q3TIX9 Ifitm10-201ENSMUST00000059223 3412 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Foxo3-201ENSMUST00000056974 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Mettl7a1-201ENSMUST00000067752 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Tmem201-201ENSMUST00000054459 4631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Clec16a-204ENSMUST00000115824 6244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Clec16a-202ENSMUST00000066345 6244 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Klc4-201ENSMUST00000003642 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Tpm3-202ENSMUST00000118566 2190 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Myc-202ENSMUST00000159327 2186 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gm12999-201ENSMUST00000124471 485 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Arl5b-206ENSMUST00000193836 481 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Ndufb8-201ENSMUST00000026222 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Mvd-201ENSMUST00000006692 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Ocrl-201ENSMUST00000001202 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Mob2-206ENSMUST00000211206 2140 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Paxbp1-202ENSMUST00000118522 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Zfp865-201ENSMUST00000076251 7503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gss-203ENSMUST00000130881 1724 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pcsk6-201ENSMUST00000055576 4405 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Rnf220-203ENSMUST00000102690 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pitpna-206ENSMUST00000179521 3727 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 9230020A06Rik-203ENSMUST00000214621 1682 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Kcnc1-201ENSMUST00000025202 7760 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Lrrc32-203ENSMUST00000205956 4576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Dcdc2a-201ENSMUST00000036932 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Rps27a-202ENSMUST00000102845 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 1500009L16Rik-201ENSMUST00000150459 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Mir3081-201ENSMUST00000175305 84 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Bex3-201ENSMUST00000053540 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pcdha7-201ENSMUST00000192631 5337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pdlim7-206ENSMUST00000131306 1915 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Khdc1c-201ENSMUST00000070223 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Ube2d3-208ENSMUST00000197134 2493 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gpsm1-202ENSMUST00000066936 3384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Wipi1-201ENSMUST00000047186 3338 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Vcan-201ENSMUST00000109543 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Eml3-202ENSMUST00000224272 2978 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Kdm6b-201ENSMUST00000094077 6654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Acadvl-202ENSMUST00000102574 2168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gm16279-201ENSMUST00000149452 2945 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Nap1l4-206ENSMUST00000208190 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pcmt1-208ENSMUST00000162606 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Gm27528-202ENSMUST00000222916 2012 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Snx17-201ENSMUST00000031029 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Zfp133-ps-202ENSMUST00000124788 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Snhg10-202ENSMUST00000222812 527 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 S100a16-202ENSMUST00000098911 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Kcnn1-201ENSMUST00000110078 4047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Kcnn1-202ENSMUST00000110081 4045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Tmem184b-201ENSMUST00000074991 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Samd4-211ENSMUST00000228404 3039 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Adgrl1-210ENSMUST00000152978 5734 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Rbm26-202ENSMUST00000100327 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Usp39Q3TIX9 Chpf-201ENSMUST00000079205 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.5 ms