Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Usp1-201ENSMUST00000030289 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Nr3c2-203ENSMUST00000109912 5675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tbc1d20-201ENSMUST00000028963 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm16425-201ENSMUST00000118143 3130 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Unc5d-202ENSMUST00000209401 3081 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Unc5d-203ENSMUST00000210298 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Unc5d-205ENSMUST00000211448 3087 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Glis1-202ENSMUST00000106738 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Hook2-201ENSMUST00000064495 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Chst8-201ENSMUST00000078686 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Myc-202ENSMUST00000159327 2186 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Zfp13-202ENSMUST00000115516 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Sdk1-202ENSMUST00000085774 10352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Npnt-206ENSMUST00000117811 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Dmtn-201ENSMUST00000022694 5418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tmem185b-202ENSMUST00000183952 2824 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Kif17-201ENSMUST00000030539 3453 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tex264-201ENSMUST00000046735 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Lrrc56-201ENSMUST00000047093 2197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm21559-201ENSMUST00000220638 855 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Krtcap3-201ENSMUST00000054829 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm8587-201ENSMUST00000076538 843 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 4833422C13Rik-201ENSMUST00000099331 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Phf8-204ENSMUST00000112666 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 D1Pas1-201ENSMUST00000045108 3212 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Rnf138-201ENSMUST00000052396 3110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Neu4-202ENSMUST00000190212 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Fbxo30-202ENSMUST00000129456 5060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Repin1-207ENSMUST00000163452 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm37305-201ENSMUST00000195714 4279 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tm9sf1-203ENSMUST00000121791 2148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Paip2-201ENSMUST00000041314 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Edem3-202ENSMUST00000187951 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Ogfrl1-201ENSMUST00000027343 4844 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Pdzrn3-201ENSMUST00000075994 4104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Ate1-203ENSMUST00000094017 1938 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Hbegf-201ENSMUST00000025363 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Nup54-201ENSMUST00000038514 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm29707-201ENSMUST00000196325 491 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Dcxr-201ENSMUST00000026144 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Olfr315-201ENSMUST00000081533 998 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Adck2-201ENSMUST00000051249 2287 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Skor1-203ENSMUST00000119146 3610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Sox17-201ENSMUST00000027035 3127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Lonrf3-201ENSMUST00000016383 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Mrap2-203ENSMUST00000179313 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Dzip3-201ENSMUST00000114516 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Atp2c1-205ENSMUST00000163879 2408 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Elavl3-201ENSMUST00000003501 5014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Fubp3-201ENSMUST00000055244 3648 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Frmd5-207ENSMUST00000138157 4230 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tbx3os1-206ENSMUST00000202307 1787 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Atp2c2-201ENSMUST00000095171 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gm12522-201ENSMUST00000142833 2439 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Gatad2a-203ENSMUST00000177851 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Lima1Q9ERG0 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.8 ms