Protein–RNA interactions for Protein: Q8BWR4

Usp40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, mousemouse

Predictions only

Length 1,235 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp40Q8BWR4 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Tmem33-206ENSMUST00000162543 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 4930556N13Rik-201ENSMUST00000173677 1034 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 AC124549.3-201ENSMUST00000225541 367 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 1600017P15Rik-201ENSMUST00000083427 412 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Jakmip1-202ENSMUST00000121010 2496 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Gm43072-201ENSMUST00000200283 1671 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Sertad4-204ENSMUST00000155579 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Hook2-201ENSMUST00000064495 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Ntn1-201ENSMUST00000021284 5738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 9530082P21Rik-202ENSMUST00000181291 1798 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 4933426K07Rik-201ENSMUST00000143009 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Cbl-204ENSMUST00000205968 2809 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Gm9954-202ENSMUST00000198686 4725 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Xrcc1-205ENSMUST00000205573 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Tmem253-201ENSMUST00000100638 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Rps19-201ENSMUST00000108428 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Commd5-202ENSMUST00000109793 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Rhox2h-201ENSMUST00000115162 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Gm11453-201ENSMUST00000117318 1007 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Bola3-202ENSMUST00000120040 583 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Erdr1-202ENSMUST00000177671 708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Gm40977-203ENSMUST00000222324 886 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Lrp5-201ENSMUST00000025856 5161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Ntrk2-205ENSMUST00000224402 2284 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Gm13327-201ENSMUST00000133391 2741 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Nodal-201ENSMUST00000049339 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Tbc1d9b-202ENSMUST00000101270 5213 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Rabggta-203ENSMUST00000169237 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
Usp40Q8BWR4 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Mrps2-201ENSMUST00000038600 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Nudt6-208ENSMUST00000146324 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rpl26-206ENSMUST00000167436 606 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Abhd18-207ENSMUST00000203892 1021 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 AC160980.1-201ENSMUST00000224136 970 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 AC154621.1-201ENSMUST00000226155 1119 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 C1qa-201ENSMUST00000046285 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ssu2-201ENSMUST00000060847 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Dnaaf3-201ENSMUST00000094897 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ccdc42-203ENSMUST00000154294 1384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Zdhhc25-201ENSMUST00000066949 1368 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rhot2-201ENSMUST00000043897 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Lhx6-203ENSMUST00000112963 3481 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Lyrm1-203ENSMUST00000106517 1279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Gm11508-201ENSMUST00000129337 440 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rhox2a-202ENSMUST00000173650 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rhox2c-204ENSMUST00000184688 720 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ybx1-ps2-201ENSMUST00000201305 957 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Pmf1-201ENSMUST00000056370 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Cuedc2-202ENSMUST00000167861 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Vgf-201ENSMUST00000041543 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Gm29361-201ENSMUST00000183323 2000 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rps6kb2-202ENSMUST00000118483 1409 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Zfp358-203ENSMUST00000208423 2200 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Tbx18-201ENSMUST00000034991 4679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Samm50-201ENSMUST00000023071 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ip6k2-206ENSMUST00000193560 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Tmem237-201ENSMUST00000087475 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Cyp4f14-202ENSMUST00000179434 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Cyp4f14-201ENSMUST00000054174 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Usp48-201ENSMUST00000055131 5722 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Dpm3-202ENSMUST00000107462 827 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Gm15427-201ENSMUST00000117288 531 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Gm14722-201ENSMUST00000118943 689 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rpl18-ps1-201ENSMUST00000121555 525 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Grip1os3-202ENSMUST00000146294 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Fhad1os2-201ENSMUST00000152351 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Cby3-202ENSMUST00000164067 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Thap4-205ENSMUST00000189728 713 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ftl1-ps1-202ENSMUST00000222435 938 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Mt3-201ENSMUST00000034211 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Fam159a-201ENSMUST00000053157 593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 A330040F15Rik-202ENSMUST00000224046 1918 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Nhlrc4-201ENSMUST00000085027 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Susd1-201ENSMUST00000040166 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Ppm1a-201ENSMUST00000021514 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Tmem151b-201ENSMUST00000180252 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Trem2-202ENSMUST00000113237 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Tnip2-203ENSMUST00000114359 1642 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Usp40Q8BWR4 Fam241b-204ENSMUST00000125704 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.8 ms