Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Hmgb3-201ENSMUST00000015361 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Adamtsl1-201ENSMUST00000048885 1842 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mxd4-201ENSMUST00000042701 3872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm38575-203ENSMUST00000215824 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Crtac1-201ENSMUST00000048630 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Kcnh2-202ENSMUST00000115098 3193 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Slain1-201ENSMUST00000069443 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fbxl21-203ENSMUST00000121871 1963 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Tox2-205ENSMUST00000165937 1675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pex11a-201ENSMUST00000032761 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 C130026I21Rik-201ENSMUST00000064341 1561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fmnl2-202ENSMUST00000050719 3380 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm45799-202ENSMUST00000106786 409 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Chchd7-208ENSMUST00000121651 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm13375-201ENSMUST00000126967 854 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Nespas-202ENSMUST00000150276 1262 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Runx2os2-201ENSMUST00000161664 818 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm37153-201ENSMUST00000193637 231 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 AC155714.1-201ENSMUST00000214033 956 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Chchd7-201ENSMUST00000041122 672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Wapl-201ENSMUST00000048263 6351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pcna-ps2-201ENSMUST00000088040 1257 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mettl27-204ENSMUST00000111219 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Prelid3a-201ENSMUST00000025411 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Agtr1a-201ENSMUST00000066412 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mrpl57-201ENSMUST00000022538 2877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fam199x-201ENSMUST00000047852 8299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Cadps2-201ENSMUST00000018122 4723 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Camk2n1-201ENSMUST00000050918 4444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Aste1-202ENSMUST00000123807 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Spef1-201ENSMUST00000028801 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm1043-204ENSMUST00000207866 4296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Flvcr1-201ENSMUST00000085635 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Dnajc25-201ENSMUST00000095070 4023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Rbm12b2-202ENSMUST00000095143 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Sec11a-201ENSMUST00000026818 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Slc46a1-201ENSMUST00000001126 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 6430710C18Rik-203ENSMUST00000136807 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Fosl1-201ENSMUST00000025850 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Acvr1c-203ENSMUST00000112607 1266 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Kir3dl1-201ENSMUST00000113104 1031 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pcp2-203ENSMUST00000133459 470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Haghl-206ENSMUST00000138759 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Haghl-207ENSMUST00000140738 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ybx1-ps2-201ENSMUST00000201305 957 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ociad1-210ENSMUST00000202250 800 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Tspyl-ps-201ENSMUST00000220692 1117 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Msrb2-201ENSMUST00000023856 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ndufv2-201ENSMUST00000024909 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pecr-201ENSMUST00000027381 1186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pcp2-201ENSMUST00000004749 495 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mid1-206ENSMUST00000112107 3194 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Chtf8-206ENSMUST00000177068 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Adck1-204ENSMUST00000222695 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm16867-201ENSMUST00000179116 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Large1-204ENSMUST00000212459 4746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 She-201ENSMUST00000050401 5733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Marveld3-201ENSMUST00000001722 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Zfp648-201ENSMUST00000086195 1892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Mdh2-201ENSMUST00000019323 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Gm32369-201ENSMUST00000222630 1467 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Med7-209ENSMUST00000170928 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Lrrfip2-207ENSMUST00000197256 1819 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Eef1akmt4-201ENSMUST00000115522 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ube2i-208ENSMUST00000173084 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Ppp4r3a-201ENSMUST00000048305 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Nhsl1-209ENSMUST00000207038 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Bmt2-202ENSMUST00000203078 4462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
Col6a1Q04857 Bambi-201ENSMUST00000025075 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Slc39a14-201ENSMUST00000022688 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Mir124-2hg-202ENSMUST00000186746 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Ppif-201ENSMUST00000022419 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Ccdc51-201ENSMUST00000026735 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Dhcr24-201ENSMUST00000047973 4028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Col6a1Q04857 H2-T23-201ENSMUST00000102678 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.7 ms