Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Otub1-201ENSMUST00000025679 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm128-201ENSMUST00000090815 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Csnk1a1-206ENSMUST00000165721 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Sync-201ENSMUST00000102599 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 4933427G23Rik-202ENSMUST00000126393 544 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm2885-201ENSMUST00000181895 1442 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Capzb-202ENSMUST00000042675 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Fahd1-201ENSMUST00000049642 1407 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ift57-201ENSMUST00000046777 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Nfe2-207ENSMUST00000134554 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Cdkn1b-203ENSMUST00000204807 1757 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Arpc4-203ENSMUST00000203578 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Stk19-ps1-201ENSMUST00000174597 517 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm26602-201ENSMUST00000181321 285 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Bub3-201ENSMUST00000084502 2218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Abhd16b-201ENSMUST00000069649 1775 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Fam19a5-201ENSMUST00000068088 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Tmem254b-202ENSMUST00000100806 1108 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Tmem254a-201ENSMUST00000100811 1108 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm17420-201ENSMUST00000164753 153 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm4959-201ENSMUST00000197271 1044 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Olfr1412-201ENSMUST00000062964 966 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Olfr373-201ENSMUST00000074540 945 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Hsd3b3-201ENSMUST00000090743 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Rps8-201ENSMUST00000102696 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Surf2-201ENSMUST00000015017 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Mmgt2-207ENSMUST00000155759 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Alkbh3-201ENSMUST00000040005 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Hist1h3g-201ENSMUST00000080859 530 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ccdc33-202ENSMUST00000098681 1093 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 E430018J23Rik-201ENSMUST00000074249 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Pdss2-202ENSMUST00000159139 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Sergef-201ENSMUST00000033127 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm26580-201ENSMUST00000181002 2095 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Hmgb3-204ENSMUST00000114582 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Hmgb3-203ENSMUST00000088874 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Cystm1-205ENSMUST00000152804 445 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 1700080E11Rik-202ENSMUST00000190661 682 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Dupd1-202ENSMUST00000224735 548 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Mzb1-201ENSMUST00000025211 905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Zfp42-202ENSMUST00000209356 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gfi1-201ENSMUST00000031205 2860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Htr3a-202ENSMUST00000217289 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 9530068E07Rik-201ENSMUST00000036952 2467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Fis1-203ENSMUST00000111097 601 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Mir1982-201ENSMUST00000157368 74 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm3436-201ENSMUST00000179930 840 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Fis1-201ENSMUST00000019198 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Mrpl30-205ENSMUST00000193673 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm42693-201ENSMUST00000196779 631 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm9821-201ENSMUST00000178895 1953 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ccdc3-201ENSMUST00000027988 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ccdc181-201ENSMUST00000027867 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Pcdhb22-201ENSMUST00000097609 2266 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm13226-201ENSMUST00000117838 404 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Cd63-ps-201ENSMUST00000145417 875 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Smyd3-207ENSMUST00000194237 1047 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ip6k2-210ENSMUST00000194875 748 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Smim8-201ENSMUST00000029972 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Sytl3-201ENSMUST00000097430 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Rab3a-204ENSMUST00000110093 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Ppil1-201ENSMUST00000024802 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Adk-207ENSMUST00000224069 1818 ntAPPRIS ALT1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Wscd1-202ENSMUST00000108510 2956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Zic4-209ENSMUST00000173933 1764 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Dlx4os-201ENSMUST00000156477 1664 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Mycbp-201ENSMUST00000030400 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm12390-201ENSMUST00000117897 397 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm21854-201ENSMUST00000179901 471 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 AC159474.1-201ENSMUST00000218454 374 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 AC124510.1-201ENSMUST00000222659 583 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 AC090659.2-201ENSMUST00000225378 1186 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Rab33a-201ENSMUST00000033430 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Scn4aQ9ER60 Gm10478-201ENSMUST00000084451 396 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.7 ms