Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Commd5-202ENSMUST00000109793 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14701-201ENSMUST00000117156 348 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21984-201ENSMUST00000123117 822 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap9-3-201ENSMUST00000062683 759 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2d10-201ENSMUST00000072776 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Arntl-204ENSMUST00000210238 2976 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem88-201ENSMUST00000050140 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gramd3-201ENSMUST00000070166 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Aanat-205ENSMUST00000153476 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Syf2-201ENSMUST00000030622 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5096-201ENSMUST00000091776 1858 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Fam103a1-201ENSMUST00000042166 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 AC025913.2-201ENSMUST00000220136 1766 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Med28-202ENSMUST00000118833 734 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Mir1895-201ENSMUST00000122615 79 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27301-201ENSMUST00000184012 127 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 1700086L19Rik-201ENSMUST00000095617 706 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17055-201ENSMUST00000166951 2232 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26761-201ENSMUST00000180650 2192 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Xk-201ENSMUST00000015486 5076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Lrr1-201ENSMUST00000110621 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Phf1-201ENSMUST00000073724 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhh3-206ENSMUST00000164474 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Sphk1-202ENSMUST00000063446 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Rhot2-201ENSMUST00000043897 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Adprm-201ENSMUST00000116363 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Psmb5-ps-201ENSMUST00000119744 798 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15758-201ENSMUST00000161681 695 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44335-201ENSMUST00000196879 141 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44297-201ENSMUST00000198304 141 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44346-201ENSMUST00000198851 141 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29909-201ENSMUST00000214500 922 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9898-201ENSMUST00000065469 1161 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gtpbp10-201ENSMUST00000088842 941 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Mok-202ENSMUST00000070565 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Pycrl-201ENSMUST00000053918 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10435-202ENSMUST00000162526 2878 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Large2-201ENSMUST00000068586 2445 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Rerg-202ENSMUST00000117919 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Rapgef6-205ENSMUST00000108895 1829 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Susd3-202ENSMUST00000058196 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc181-201ENSMUST00000027867 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Pfn2-203ENSMUST00000120289 905 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 9530003J23Rik-202ENSMUST00000159193 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Irs3-202ENSMUST00000196511 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Chchd10-201ENSMUST00000058906 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Hap1-201ENSMUST00000103124 2120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Dffb-201ENSMUST00000030893 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Sybu-203ENSMUST00000110269 2920 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufab1-203ENSMUST00000123296 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Nrn1-204ENSMUST00000224323 1779 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Prodh2-201ENSMUST00000058280 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Elp6-201ENSMUST00000068071 2219 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Igf2-203ENSMUST00000105935 650 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11201-201ENSMUST00000143473 701 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs10-201ENSMUST00000033133 880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp2d40-201ENSMUST00000055721 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42473-201ENSMUST00000201056 2291 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Lck-202ENSMUST00000102596 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Mef2b-204ENSMUST00000110146 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gtdc1-202ENSMUST00000100127 2422 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgcl-201ENSMUST00000030432 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Cct8-201ENSMUST00000026704 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Dcp1b-201ENSMUST00000073909 1748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Stim2-201ENSMUST00000117661 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d2-202ENSMUST00000107750 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Sbk2-201ENSMUST00000032598 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1i3-203ENSMUST00000111328 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Foxs1-201ENSMUST00000099200 1311 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Neu4-202ENSMUST00000190212 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Akirin2-201ENSMUST00000084299 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11025-201ENSMUST00000140773 466 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Lgals3-204ENSMUST00000150290 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 6030443J06Rik-204ENSMUST00000195898 786 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa1l2-ps2-201ENSMUST00000022493 963 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Gdpd3-201ENSMUST00000032944 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 H2-K1-201ENSMUST00000025181 1605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap3-202ENSMUST00000106092 2901 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
Ccdc88bQ4QRL3 Fam20c-201ENSMUST00000026972 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a1-201ENSMUST00000024596 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Pnkp-203ENSMUST00000107876 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx39-202ENSMUST00000109810 1794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp46a1-201ENSMUST00000021684 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Emx2-201ENSMUST00000062216 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gps1-208ENSMUST00000208737 1843 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc8-206ENSMUST00000105940 772 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Lin37-201ENSMUST00000043975 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf138rt1-201ENSMUST00000059320 1191 ntAPPRIS P1 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 Cnot10-206ENSMUST00000216785 1723 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Ccdc88bQ4QRL3 P4ha2-215ENSMUST00000174616 2094 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56 ms