Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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Rnf40Q3U319 Tomm34-201ENSMUST00000018466 2302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Ocrl-201ENSMUST00000001202 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Cant1-201ENSMUST00000017620 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Slc25a11-201ENSMUST00000014750 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Bahd1-201ENSMUST00000036578 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Serinc1-201ENSMUST00000020027 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Cttn-202ENSMUST00000103079 3286 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Nfasc-208ENSMUST00000188307 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Zfp422-203ENSMUST00000112880 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Samd14-201ENSMUST00000055947 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Pcdha4-202ENSMUST00000192512 5363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Nat8f3-201ENSMUST00000050780 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Clec4d-201ENSMUST00000032240 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Mcc-202ENSMUST00000164666 3606 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Gnat1-201ENSMUST00000010205 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Dpysl3-204ENSMUST00000121805 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Elmo2-203ENSMUST00000094329 3466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Tpgs2-202ENSMUST00000148255 3424 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Adgrb2-208ENSMUST00000121049 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Itgav-202ENSMUST00000111740 6788 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Gm15998-201ENSMUST00000135144 1844 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
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Rnf40Q3U319 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Prrt2-201ENSMUST00000159916 2501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Sez6-202ENSMUST00000093995 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Trmo-201ENSMUST00000030015 1527 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Rnf40Q3U319 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Rnf40Q3U319 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Rnf40Q3U319 Fbxo46-202ENSMUST00000165913 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Rnf40Q3U319 Capn12-201ENSMUST00000066880 3040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Rnf40Q3U319 AC159649.2-201ENSMUST00000222984 3223 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Rnf40Q3U319 Tmbim6-202ENSMUST00000159209 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Rnf40Q3U319 Sema6b-202ENSMUST00000167545 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
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