Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Efnb3-201ENSMUST00000004036 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Kif5b-201ENSMUST00000025083 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 AC115863.1-201ENSMUST00000214815 1813 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Chchd7-203ENSMUST00000119307 889 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm8344-201ENSMUST00000119813 856 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Rpsa-ps1-201ENSMUST00000191040 886 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sod1-201ENSMUST00000023707 646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Bhlha9-201ENSMUST00000056184 1207 ntAPPRIS P1 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ralb-201ENSMUST00000004565 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Bpifb3-202ENSMUST00000109760 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Taf6l-212ENSMUST00000177216 2167 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Acap3-201ENSMUST00000079031 4301 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gmppa-202ENSMUST00000113584 1692 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Agfg1-204ENSMUST00000186302 2352 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ranbp9-201ENSMUST00000144326 3371 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Mapk7-201ENSMUST00000079080 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Nploc4-201ENSMUST00000044271 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm26608-201ENSMUST00000180740 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Zbtb46-202ENSMUST00000087409 2577 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Hace1-201ENSMUST00000037044 3785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Abl1-202ENSMUST00000075759 6327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Wipf3-204ENSMUST00000132855 4516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Olfr1564-201ENSMUST00000112162 1091 ntAPPRIS P2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Wdr61-203ENSMUST00000121204 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Plpp7-202ENSMUST00000140762 634 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Mgarp-203ENSMUST00000141156 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm27525-201ENSMUST00000184465 107 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Zfp524-202ENSMUST00000207901 1263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 4931406C07Rik-209ENSMUST00000217042 691 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Rhebl1-201ENSMUST00000024518 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sytl1-202ENSMUST00000105908 1730 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ppm1h-206ENSMUST00000161487 2931 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Rnpep-202ENSMUST00000077340 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Myo9b-206ENSMUST00000212935 6316 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Crem-228ENSMUST00000150235 2662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Dap3-202ENSMUST00000107491 1375 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Rab3a-201ENSMUST00000034301 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cspp1-203ENSMUST00000118263 2162 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pacsin2-203ENSMUST00000171436 3693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm21586-201ENSMUST00000107988 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm21953-201ENSMUST00000108002 264 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm13036-201ENSMUST00000117799 748 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm11764-201ENSMUST00000120221 623 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ptpa-208ENSMUST00000131476 989 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm20878-208ENSMUST00000181518 264 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm32031-203ENSMUST00000208993 649 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 AC110091.2-202ENSMUST00000216718 1148 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Csrp2-207ENSMUST00000220409 780 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Specc1-210ENSMUST00000201723 2690 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Six1-201ENSMUST00000050029 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Zfp219-212ENSMUST00000228580 2812 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Nmur1-203ENSMUST00000212541 1534 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Fam57a-205ENSMUST00000169560 1806 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cnbd2-201ENSMUST00000037096 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Camsap2-203ENSMUST00000192314 4916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Plaa-201ENSMUST00000107107 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm16838-201ENSMUST00000144594 816 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm6257-201ENSMUST00000163864 910 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm16845-202ENSMUST00000216270 567 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 AC117588.1-201ENSMUST00000228510 999 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Psmb4-201ENSMUST00000005923 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Wfdc6b-201ENSMUST00000094346 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Egfl8-202ENSMUST00000097345 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Seh1l-201ENSMUST00000025421 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Anp32e-201ENSMUST00000015893 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pde8b-201ENSMUST00000022192 2517 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Ercc6l2-202ENSMUST00000021926 1592 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Hira-202ENSMUST00000120532 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Cndp2-201ENSMUST00000025546 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Sorbs1-225ENSMUST00000226047 2582 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Hnrnpa1-202ENSMUST00000087351 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Dnajc24-201ENSMUST00000102555 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 A230065H16Rik-201ENSMUST00000150384 670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Calcb-203ENSMUST00000182816 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm27217-201ENSMUST00000183438 882 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm8000-201ENSMUST00000188378 592 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Gm42802-201ENSMUST00000202475 456 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Letm2-208ENSMUST00000210616 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Traf1P39428 Pts-206ENSMUST00000214873 511 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.2 ms