Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Luc7l2-208ENSMUST00000161538 4253 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Traf1P39428 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Atp5a1-201ENSMUST00000026495 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Slc22a16-202ENSMUST00000078314 2269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Arntl-201ENSMUST00000047321 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Lcat-201ENSMUST00000038896 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Neurl1a-202ENSMUST00000111808 4157 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sept11-205ENSMUST00000201700 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Wdyhv1-204ENSMUST00000226955 1094 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 6030408B16Rik-201ENSMUST00000071328 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Lhb-201ENSMUST00000072453 678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ccdc84-202ENSMUST00000213813 2675 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm16976-202ENSMUST00000127408 1515 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm8189-202ENSMUST00000211035 2039 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm28111-201ENSMUST00000187786 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 N6amt1-201ENSMUST00000054442 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Chgb-201ENSMUST00000028826 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ptprd-206ENSMUST00000107289 9899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Zfp281-201ENSMUST00000047734 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Atat1-202ENSMUST00000061052 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sctr-202ENSMUST00000189037 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Rbm47-203ENSMUST00000113724 2186 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Rasa2-201ENSMUST00000034984 5813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm40773-201ENSMUST00000218113 1502 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Taz-201ENSMUST00000069722 1851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tbp-202ENSMUST00000117593 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Elk4-202ENSMUST00000086556 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ccdc51-201ENSMUST00000026735 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Mrps27-201ENSMUST00000052249 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Prpf40b-212ENSMUST00000145482 3308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Hbb-bh0-201ENSMUST00000124800 129 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Hmgb1-208ENSMUST00000139443 923 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ctcflos-201ENSMUST00000142165 469 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm17114-201ENSMUST00000164716 511 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm27002-201ENSMUST00000182789 620 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm5712-201ENSMUST00000199748 1043 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tmem270-202ENSMUST00000201316 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Apoa1-201ENSMUST00000034588 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Rab34-201ENSMUST00000002128 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Dnal4-201ENSMUST00000023055 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tstd3-201ENSMUST00000029915 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Selenok-201ENSMUST00000112268 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Mettl27-202ENSMUST00000068617 1685 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Slco3a1-201ENSMUST00000026897 4589 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Fgfr2-215ENSMUST00000122054 3323 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Heyl-201ENSMUST00000040821 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tmem117-201ENSMUST00000080141 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Kctd6-202ENSMUST00000170111 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Enah-202ENSMUST00000111024 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm8784-201ENSMUST00000222096 1435 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Igf2-202ENSMUST00000097936 2503 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Sppl3-201ENSMUST00000031530 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Baz1a-205ENSMUST00000173433 5788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Nepro-201ENSMUST00000048788 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Spg21-201ENSMUST00000034955 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Kifc3-212ENSMUST00000213004 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Hnrnpl-202ENSMUST00000172529 1898 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ftl2-ps-201ENSMUST00000118517 552 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm11536-201ENSMUST00000130733 535 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Mfap2-203ENSMUST00000166376 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Flg-204ENSMUST00000178752 756 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Pih1d1-206ENSMUST00000210139 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Gm15590-201ENSMUST00000078419 552 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Antxr2-201ENSMUST00000031281 5656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Bcam-201ENSMUST00000003061 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Smox-203ENSMUST00000110180 1617 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Pla2g10-201ENSMUST00000023364 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ppard-201ENSMUST00000002320 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Ly6e-201ENSMUST00000051698 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Traf1P39428 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.1 ms