Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Mapk8ip3-208ENSMUST00000121787 5431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Ret-202ENSMUST00000088790 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Rhoc-202ENSMUST00000106787 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 1700020A23Rik-202ENSMUST00000110281 521 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm11452-201ENSMUST00000122376 690 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm7616-201ENSMUST00000143112 624 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Tsen15-201ENSMUST00000015124 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Dnmt3a-ps1-201ENSMUST00000192011 1271 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Rfc4-201ENSMUST00000023598 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm26755-201ENSMUST00000180703 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Pnpla2-202ENSMUST00000064151 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Add1-204ENSMUST00000114338 4007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Smox-203ENSMUST00000110180 1617 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 4930512B01Rik-201ENSMUST00000021378 1856 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Camsap3-201ENSMUST00000057028 4450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Trmt2a-202ENSMUST00000100099 2235 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Evpl-201ENSMUST00000037007 6384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Ano8-204ENSMUST00000213382 3785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Esrp1-202ENSMUST00000108310 2781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Mif4gd-203ENSMUST00000106507 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Chst13-201ENSMUST00000070890 1653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 2210016F16Rik-201ENSMUST00000022032 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Kifc3-203ENSMUST00000169748 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Apof-201ENSMUST00000050901 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Methig1-201ENSMUST00000075675 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Hbb-bt-201ENSMUST00000098192 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Gm6277-201ENSMUST00000180860 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Vps28Q9D1C8 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Jph4-201ENSMUST00000022819 4489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Hectd3-201ENSMUST00000050067 4583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Higd1a-201ENSMUST00000060251 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Heyl-201ENSMUST00000040821 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Kctd6-202ENSMUST00000170111 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Atxn7l3-202ENSMUST00000107132 3706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Msl1-201ENSMUST00000037915 4593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Slc25a11-201ENSMUST00000014750 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Dync1li2-201ENSMUST00000041769 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 BC048679-202ENSMUST00000144156 640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Nabp2-204ENSMUST00000166608 979 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Timm8a2-201ENSMUST00000045976 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Gm5617-201ENSMUST00000048824 531 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Gm26718-201ENSMUST00000181048 1378 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Wipi2-201ENSMUST00000036872 5171 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Map3k7-201ENSMUST00000037607 5773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Slc8a3-202ENSMUST00000085238 4927 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 A230072E10Rik-203ENSMUST00000175942 2940 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Cd164-201ENSMUST00000019962 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Ttbk1-201ENSMUST00000047034 6959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Srpr-201ENSMUST00000034541 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Igdcc3-203ENSMUST00000217371 3183 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Dgkz-201ENSMUST00000028667 3584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Zkscan3-202ENSMUST00000116433 1421 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Iars2-201ENSMUST00000027921 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Slit1-203ENSMUST00000169141 5673 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Samd4-211ENSMUST00000228404 3039 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Gm26889-201ENSMUST00000181523 2252 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Trip6-201ENSMUST00000024119 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 9430038I01Rik-202ENSMUST00000117404 699 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Gm12497-201ENSMUST00000138778 237 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Gm26661-201ENSMUST00000181025 471 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Gm33054-201ENSMUST00000216588 313 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Rps4l-201ENSMUST00000071745 943 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Degs1-201ENSMUST00000035295 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Ttll5-201ENSMUST00000040179 5081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Agfg1-204ENSMUST00000186302 2352 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Zfp281-202ENSMUST00000112046 4937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Cyp26b1-203ENSMUST00000204109 1340 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Cope-201ENSMUST00000066469 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Vps28Q9D1C8 Usp43-202ENSMUST00000108677 4447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.2 ms