Protein–RNA interactions for Protein: Q5I043

Usp28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, mousemouse

Predictions only

Length 1,051 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp28Q5I043 Foxp4-202ENSMUST00000113262 3198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Gmppa-202ENSMUST00000113584 1692 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Cdh2-201ENSMUST00000025166 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ablim2-202ENSMUST00000101280 3042 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Hhat-201ENSMUST00000044190 2839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Acvr2a-201ENSMUST00000063886 5686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Impdh1-205ENSMUST00000160878 2314 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 4930512B01Rik-201ENSMUST00000021378 1856 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Calb2-201ENSMUST00000003754 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Ccdc115-201ENSMUST00000042493 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 E2f2-201ENSMUST00000061721 4739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Usp28Q5I043 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Zfp109-203ENSMUST00000206960 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Cdk12-203ENSMUST00000107539 5912 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm31774-201ENSMUST00000212910 1366 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Sik3-204ENSMUST00000126865 6287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Dcaf17-201ENSMUST00000064141 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 1700066M21Rik-201ENSMUST00000042734 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Rcor1-202ENSMUST00000116388 2720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tex19.2-201ENSMUST00000039146 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Zfp879-203ENSMUST00000109134 2414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Zfp879-201ENSMUST00000049625 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm15939-201ENSMUST00000160756 2147 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Myo5a-214ENSMUST00000155282 6372 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm5587-201ENSMUST00000206270 674 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Zmynd11-207ENSMUST00000110638 4003 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Klhl26-204ENSMUST00000209567 2615 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Bnc1-201ENSMUST00000026096 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Shroom1-204ENSMUST00000109013 3312 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Fars2-205ENSMUST00000224241 1665 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Samd4-211ENSMUST00000228404 3039 ntAPPRIS ALT2 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Efcab14-204ENSMUST00000106525 2792 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 1190002N15Rik-201ENSMUST00000113028 3950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Pdhb-201ENSMUST00000022268 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Elmo2-203ENSMUST00000094329 3466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm6257-201ENSMUST00000163864 910 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 BC049762-201ENSMUST00000054226 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ripk3-203ENSMUST00000178399 1865 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Utp3-201ENSMUST00000090413 1629 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Dnajb12-201ENSMUST00000020309 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Pkp2-201ENSMUST00000039408 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Mdp1-201ENSMUST00000002400 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Disc1-205ENSMUST00000117658 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tpm2-201ENSMUST00000030184 2175 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Nrros-201ENSMUST00000099991 2548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Pla2g16-203ENSMUST00000136756 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Sox13-205ENSMUST00000153799 3693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ralb-201ENSMUST00000004565 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Msl1-201ENSMUST00000037915 4593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Mycbp-201ENSMUST00000030400 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Chrm3-202ENSMUST00000187510 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Nrip2-201ENSMUST00000001561 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Adam9-204ENSMUST00000208247 4044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Kmt5c-202ENSMUST00000108582 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Sgms1-201ENSMUST00000099514 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm45351-201ENSMUST00000210683 2545 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm15295-201ENSMUST00000139874 488 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ppfia3-207ENSMUST00000211067 4565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Zbtb4-201ENSMUST00000108638 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 D1Pas1-201ENSMUST00000045108 3212 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Ddx39-201ENSMUST00000019576 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Usp35-202ENSMUST00000168435 3982 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
Usp28Q5I043 Robo3-202ENSMUST00000115038 4797 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.5 ms