Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Ewsr1-202ENSMUST00000073308 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Prrt4-201ENSMUST00000159200 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Magi2-203ENSMUST00000115267 4478 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Trim50-201ENSMUST00000065785 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8237-201ENSMUST00000164484 2051 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Hunk-201ENSMUST00000065856 5009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Majin-202ENSMUST00000113528 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Nhlrc4-201ENSMUST00000085027 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Mark2-202ENSMUST00000032557 4488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Crem-234ENSMUST00000154470 1996 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Tnip2-203ENSMUST00000114359 1642 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Lrch4-201ENSMUST00000031734 3078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a1-ps-201ENSMUST00000120862 969 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Emp3-202ENSMUST00000164119 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Cfdp1-201ENSMUST00000034432 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6d-201ENSMUST00000040404 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ubqln4-201ENSMUST00000008748 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Nup153-201ENSMUST00000021803 6109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ntrk2-205ENSMUST00000224402 2284 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Rnps1-203ENSMUST00000163717 1920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc42-203ENSMUST00000154294 1384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf15-201ENSMUST00000033389 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Wscd1-203ENSMUST00000108511 2866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Npdc1-202ENSMUST00000071442 1485 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Sfxn5-203ENSMUST00000113787 638 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 9530085L11Rik-201ENSMUST00000203963 2115 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Aga-201ENSMUST00000033920 1181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Rsph3a-201ENSMUST00000097423 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 P2rx4-201ENSMUST00000031429 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Acat2-203ENSMUST00000159697 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl27-203ENSMUST00000111218 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Dio1-202ENSMUST00000106748 396 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ern1-202ENSMUST00000106799 660 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11745-201ENSMUST00000121669 448 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Cplx3-202ENSMUST00000215487 594 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Slc44a1-201ENSMUST00000102911 3102 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13332-201ENSMUST00000120451 1398 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3252-201ENSMUST00000165619 1949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Kifc3-212ENSMUST00000213004 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Slc33a1-203ENSMUST00000161659 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnph1-202ENSMUST00000077817 2126 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 4930556N13Rik-201ENSMUST00000173677 1034 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27494-201ENSMUST00000184735 189 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Mt3-201ENSMUST00000034211 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gapdh-201ENSMUST00000073605 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp697-202ENSMUST00000178372 4703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43072-201ENSMUST00000200283 1671 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16198-201ENSMUST00000118766 670 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28308-201ENSMUST00000128102 752 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Erdr1-202ENSMUST00000177671 708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Timm13-201ENSMUST00000020440 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha4-207ENSMUST00000211227 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Elof1-203ENSMUST00000213233 810 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9789-201ENSMUST00000062524 397 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Mydgf-201ENSMUST00000019723 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Matn1-201ENSMUST00000102576 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Hook2-201ENSMUST00000064495 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd5-204ENSMUST00000156520 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Pou3f3-201ENSMUST00000054883 7409 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Grip1os3-202ENSMUST00000146294 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl26-206ENSMUST00000167436 606 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26854-201ENSMUST00000180418 705 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Arfgap1-213ENSMUST00000184394 1209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Tpd52l1-202ENSMUST00000213528 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Sfxn5-202ENSMUST00000059034 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a14-201ENSMUST00000022688 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ifnz-201ENSMUST00000105144 1462 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Wwox-207ENSMUST00000160862 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4756-201ENSMUST00000207585 1716 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd23-201ENSMUST00000054665 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29361-201ENSMUST00000183323 2000 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Hira-202ENSMUST00000120532 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35e3-201ENSMUST00000079041 3489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Cep250-203ENSMUST00000109618 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6226-201ENSMUST00000117765 1146 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 1810062O18Rik-203ENSMUST00000129237 647 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Ccer2-201ENSMUST00000178767 1054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm30191-201ENSMUST00000205501 647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Wdyhv1-206ENSMUST00000227142 786 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Prdx4-201ENSMUST00000026328 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8396-201ENSMUST00000057361 823 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Pcna-ps2-201ENSMUST00000088040 1257 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl21a-201ENSMUST00000053469 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Fancg-201ENSMUST00000030165 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Ccdc88bQ4QRL3 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
Ccdc88bQ4QRL3 Nadk-203ENSMUST00000105613 3152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.3 ms