Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Dclk2-201ENSMUST00000029719 4012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Irf7-202ENSMUST00000097952 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cpne6-203ENSMUST00000165262 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Rbfox3-205ENSMUST00000117731 3084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gtpbp3-201ENSMUST00000007754 2800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Fam149b-211ENSMUST00000224930 2716 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Dtx3-204ENSMUST00000130855 1925 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Dok1-201ENSMUST00000089651 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 2510009E07Rik-201ENSMUST00000053336 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Sox13-205ENSMUST00000153799 3693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tead1-201ENSMUST00000059768 9964 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Arf2-202ENSMUST00000063347 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm26761-201ENSMUST00000180650 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gba2-201ENSMUST00000030189 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Atf3-201ENSMUST00000027941 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Mdga1-208ENSMUST00000171691 8339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Myod1-201ENSMUST00000072514 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tcf3-210ENSMUST00000105346 2839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Apmap-201ENSMUST00000046399 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Mars-206ENSMUST00000171564 2962 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Zfas1-205ENSMUST00000189909 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gdf3-201ENSMUST00000032211 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ttll3-202ENSMUST00000038889 3114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Aldh3a1-201ENSMUST00000019246 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pdk1-201ENSMUST00000006669 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Dnajc1-202ENSMUST00000091418 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pias3-201ENSMUST00000064900 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Rprd1a-201ENSMUST00000046206 4297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Wscd1-202ENSMUST00000108510 2956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Fam160b1-201ENSMUST00000036407 5630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Sema6d-201ENSMUST00000051419 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Golph3-201ENSMUST00000059680 2652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cnot11-203ENSMUST00000161515 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Kmt5b-213ENSMUST00000176262 3933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Bin2-207ENSMUST00000183211 2036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Osr1-201ENSMUST00000057021 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Uxs1-202ENSMUST00000126008 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 A830009L08Rik-201ENSMUST00000181054 2807 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Siglece-201ENSMUST00000032667 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Phospho2-202ENSMUST00000112266 2194 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gpr3-202ENSMUST00000105911 2518 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm37711-201ENSMUST00000194907 1749 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Prtg-201ENSMUST00000055535 9148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pxn-201ENSMUST00000067268 3706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pwwp2a-201ENSMUST00000061070 3277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ifngr1-201ENSMUST00000020188 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gatc-201ENSMUST00000139167 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Phc2-201ENSMUST00000030588 3949 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 H2afy2-201ENSMUST00000020283 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Jup-202ENSMUST00000107403 2386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cep57-201ENSMUST00000034398 2523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Zfp862-ps-203ENSMUST00000203848 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 March4-201ENSMUST00000047786 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Fam174b-201ENSMUST00000107456 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Fxyd5-208ENSMUST00000161805 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pgpep1-208ENSMUST00000211715 676 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tom1l2-201ENSMUST00000064019 2151 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Mllt1-201ENSMUST00000025053 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Espnl-202ENSMUST00000176156 2886 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ccr9-202ENSMUST00000163559 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.7 ms