Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Mrpl43-201ENSMUST00000097715 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Ppp1r12b-202ENSMUST00000086444 3137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Cpq-201ENSMUST00000042167 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Ralgapa1-202ENSMUST00000110687 7874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Tulp3-201ENSMUST00000001562 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Urgcp-201ENSMUST00000053427 5527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Aaed1-207ENSMUST00000222570 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Rhot1-203ENSMUST00000077451 3297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Kif12-205ENSMUST00000156618 2258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Shisa7-201ENSMUST00000066041 6006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Mrm2-201ENSMUST00000031536 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Spdya-201ENSMUST00000064420 1877 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Plch2-212ENSMUST00000186598 2119 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Bcr-201ENSMUST00000164107 6839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Slc3a2-202ENSMUST00000170157 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Rnps1-203ENSMUST00000163717 1920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Zfp281-202ENSMUST00000112046 4937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 D030044L04Rik-201ENSMUST00000204220 1291 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Arhgef9-219ENSMUST00000199920 1976 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Bicd2-203ENSMUST00000110085 4588 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm10564-201ENSMUST00000097750 3113 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Nanos1-201ENSMUST00000088237 3927 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Dnm2-211ENSMUST00000173397 3510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 BC037039-201ENSMUST00000192003 2205 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Syngr3-201ENSMUST00000007236 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Zswim4-201ENSMUST00000039480 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Neu4-202ENSMUST00000190212 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Agbl3-205ENSMUST00000115017 3719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 6430573F11Rik-205ENSMUST00000171777 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Snx14-206ENSMUST00000173039 2970 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 4930474H06Rik-201ENSMUST00000132822 1590 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Trim65-201ENSMUST00000067632 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Slc35f4-205ENSMUST00000146164 2480 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Cnot11-203ENSMUST00000161515 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Antxr1-205ENSMUST00000205033 3160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Tfeb-201ENSMUST00000024786 2296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Zxdc-202ENSMUST00000075117 4126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Tmem200c-201ENSMUST00000178545 3213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Ric1-201ENSMUST00000043610 7190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Mrs2-201ENSMUST00000021772 7035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
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Usp4P35123 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Nrbf2-201ENSMUST00000077839 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Dmrtb1-201ENSMUST00000069271 1861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
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Usp4P35123 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
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Usp4P35123 Slc4a1ap-206ENSMUST00000201858 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Itpripl1-201ENSMUST00000110386 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm11748-201ENSMUST00000153825 1498 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Wdr55-201ENSMUST00000049323 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gsk3b-201ENSMUST00000023507 8303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm10814-201ENSMUST00000180505 1933 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Chst8-201ENSMUST00000078686 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Ppp6r2-208ENSMUST00000228284 3297 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Sbno2-204ENSMUST00000217972 2462 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Anks1b-202ENSMUST00000099366 2549 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Papola-202ENSMUST00000109901 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Bpifb5-201ENSMUST00000045959 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Pcdhgc4-203ENSMUST00000195239 2272 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Map3k6-201ENSMUST00000030677 4334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Piga-208ENSMUST00000208697 947 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 B4galt2-203ENSMUST00000106421 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Muc3a-201ENSMUST00000179412 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Smyd4-201ENSMUST00000044530 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Paip2-201ENSMUST00000041314 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Adgrd2-ps-201ENSMUST00000118797 2662 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Usp4P35123 Mid2-202ENSMUST00000112990 6271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.6 ms