Protein–RNA interactions for Protein: O35493

Clk4, Dual specificity protein kinase CLK4, mousemouse

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Length 481 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clk4O35493 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm16011-201ENSMUST00000121567 2662 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Itga5-201ENSMUST00000023128 4382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Dsg2-201ENSMUST00000059787 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Myh14-204ENSMUST00000207775 6499 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gramd3-201ENSMUST00000070166 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Fam76a-202ENSMUST00000097856 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Kif1c-201ENSMUST00000072187 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Nr3c2-204ENSMUST00000109913 5916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Nadk-203ENSMUST00000105613 3152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Flt1-203ENSMUST00000110529 6292 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ankra2-201ENSMUST00000022164 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Tmem117-201ENSMUST00000080141 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm45631-201ENSMUST00000210318 1244 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Slc35d2-204ENSMUST00000222168 472 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Nudt16l1-201ENSMUST00000050881 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Slc25a39-201ENSMUST00000018821 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ppp4r3a-201ENSMUST00000048305 4516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Tmem119-201ENSMUST00000067853 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Pim1-201ENSMUST00000024811 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Smarcd1-201ENSMUST00000023759 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Zbtb4-201ENSMUST00000108638 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Pnpo-201ENSMUST00000018803 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Dennd1a-201ENSMUST00000102787 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Saysd1-201ENSMUST00000059666 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ppfia3-207ENSMUST00000211067 4565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Dnal4-201ENSMUST00000023055 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 AC153794.1-201ENSMUST00000169148 126 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Erdr1-203ENSMUST00000179077 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm29246-201ENSMUST00000189221 349 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Npw-202ENSMUST00000213213 531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 CT009713.7-201ENSMUST00000224689 571 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Wbp4-201ENSMUST00000022601 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Nupl2-201ENSMUST00000049887 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Adgrb2-205ENSMUST00000106017 5104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Sctr-201ENSMUST00000072886 2012 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Bcor-202ENSMUST00000065143 6839 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Olah-202ENSMUST00000115087 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Slco3a1-201ENSMUST00000026897 4589 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Plaa-201ENSMUST00000107107 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm21981-201ENSMUST00000143789 2721 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Pi4kb-202ENSMUST00000107251 2895 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Cd82-204ENSMUST00000111257 1003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Blvrb-204ENSMUST00000133750 509 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Jagn1-202ENSMUST00000204254 1147 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm35154-202ENSMUST00000217008 1093 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Tll1-201ENSMUST00000066166 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Samd14-201ENSMUST00000055947 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Tada3-201ENSMUST00000032410 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Slc39a1-201ENSMUST00000015467 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Abhd16a-201ENSMUST00000007251 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ankrd61-202ENSMUST00000110717 1498 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Adipor1-202ENSMUST00000112237 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Slc41a3-202ENSMUST00000044019 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Clk4O35493 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.8 ms