Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Acyp1-203ENSMUST00000117138 735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Zfp367-202ENSMUST00000117241 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 6030443J06Rik-204ENSMUST00000195898 786 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Mcee-203ENSMUST00000206194 532 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm34397-203ENSMUST00000214991 630 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 AC139382.1-201ENSMUST00000221402 498 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Wdyhv1-206ENSMUST00000227142 786 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Smdt1-201ENSMUST00000023086 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Tmem57-201ENSMUST00000030628 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ormdl3-201ENSMUST00000052919 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ank1-203ENSMUST00000110688 7206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Shox2-202ENSMUST00000162060 1537 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ifrd2-201ENSMUST00000010192 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Osbpl1a-205ENSMUST00000119512 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Atat1-202ENSMUST00000061052 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Klf13-201ENSMUST00000063694 6396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Zmynd19-201ENSMUST00000028350 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Simc1-201ENSMUST00000118072 2116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Neurl1a-202ENSMUST00000111808 4157 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Adgrb2-204ENSMUST00000106015 4982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Npas3-201ENSMUST00000101432 5879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Bicdl1-201ENSMUST00000055408 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ern1-202ENSMUST00000106799 660 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm10419-203ENSMUST00000197854 653 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Lrig3-201ENSMUST00000074807 4016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Mon1a-201ENSMUST00000035202 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Igdcc3-201ENSMUST00000034961 3146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ltc4s-202ENSMUST00000102772 649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Fam53b-204ENSMUST00000106165 1232 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ndufa1-201ENSMUST00000016571 419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Rpl30-202ENSMUST00000079735 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Zswim8-201ENSMUST00000022358 6073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Pitx2-206ENSMUST00000174623 1493 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gjb1-201ENSMUST00000052130 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Mycl-201ENSMUST00000030407 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Xiap-203ENSMUST00000115094 6542 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Bhlhb9-201ENSMUST00000068755 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Mettl21a-201ENSMUST00000053469 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Nploc4-201ENSMUST00000044271 4121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm26675-201ENSMUST00000181068 1525 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Tead3-201ENSMUST00000114799 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Nsmf-207ENSMUST00000116574 2863 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Sgsm2-202ENSMUST00000081799 4873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gnaz-201ENSMUST00000037813 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gata6-201ENSMUST00000047762 3194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Dlk1-203ENSMUST00000109842 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm38575-201ENSMUST00000213881 652 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 AC124549.3-201ENSMUST00000225541 367 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Emg1-201ENSMUST00000004379 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Hacd1-201ENSMUST00000074854 926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Olfr1410-201ENSMUST00000079790 969 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Dtx2-204ENSMUST00000111145 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 P2rx6-203ENSMUST00000171002 1353 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Plekha4-202ENSMUST00000209517 2577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Myo5b-201ENSMUST00000074157 6745 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ptpn2-201ENSMUST00000025420 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Cct6b-201ENSMUST00000021040 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Csk-201ENSMUST00000034863 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Unc13b-203ENSMUST00000107953 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ube2j2-213ENSMUST00000166489 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Crebl2-201ENSMUST00000046303 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Dph1-201ENSMUST00000044949 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 1700003M07Rik-202ENSMUST00000147634 564 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 AA543401-201ENSMUST00000164248 1269 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Dhrs7c-205ENSMUST00000168612 1108 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm30684-201ENSMUST00000205632 600 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Irak1-205ENSMUST00000114353 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ccdc126-201ENSMUST00000055559 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Cdh24-201ENSMUST00000067784 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Ano8-204ENSMUST00000213382 3785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Nrg3-201ENSMUST00000166968 4011 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Rasgef1b-205ENSMUST00000161148 2430 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Slc11a1-201ENSMUST00000027368 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Itpripl2-201ENSMUST00000178344 6865 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 E230025N22Rik-201ENSMUST00000115682 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Sgcd-201ENSMUST00000077221 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Col6a1Q04857 Zfp326-201ENSMUST00000031227 2667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms