Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Rsu1-201ENSMUST00000028059 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Lire1P11260 Tmem248-202ENSMUST00000111298 3570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Tnfrsf11a-201ENSMUST00000027559 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 2810425M01Rik-201ENSMUST00000180790 1850 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Trp73-203ENSMUST00000105643 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Kpna4-203ENSMUST00000194558 3726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Gal3st4-202ENSMUST00000161279 2059 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Gm7153-201ENSMUST00000117092 455 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Pgam1-ps2-201ENSMUST00000117129 765 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Gm28033-201ENSMUST00000184224 96 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Etfb-201ENSMUST00000004729 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Fgf11-202ENSMUST00000102585 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Miga1-202ENSMUST00000073089 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Cct4-204ENSMUST00000173867 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Crtac1-201ENSMUST00000048630 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Otp-201ENSMUST00000022195 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Gprc5c-203ENSMUST00000122967 1709 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Lire1P11260 Flrt2-202ENSMUST00000110117 3223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Ccnj-202ENSMUST00000119316 3763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Nabp1-201ENSMUST00000027279 2838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Pi4k2b-202ENSMUST00000031082 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Ss18-201ENSMUST00000040924 3090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Lire1P11260 Trpc3-201ENSMUST00000029271 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Atp1a1-201ENSMUST00000036493 3679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Ppp1r2-202ENSMUST00000115233 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Gm18958-201ENSMUST00000174258 762 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Shc3-203ENSMUST00000223543 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Tmem30c-202ENSMUST00000119407 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Sp8-201ENSMUST00000063918 4478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Tbc1d30-201ENSMUST00000064107 5695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 A4galt-201ENSMUST00000049530 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Cpne6-201ENSMUST00000074225 2201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Ube2d3-208ENSMUST00000197134 2493 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Kbtbd2-202ENSMUST00000114323 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Lire1P11260 Arhgef18-201ENSMUST00000004684 5271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Tmem65-201ENSMUST00000072113 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Gclc-201ENSMUST00000034905 3423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Bnip2-202ENSMUST00000085393 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 2810474O19Rik-202ENSMUST00000100765 5356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 6330411D24Rik-201ENSMUST00000211105 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Ndufaf8-201ENSMUST00000106223 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Echdc2-203ENSMUST00000116307 893 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Srgn-205ENSMUST00000162161 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Gm2431-201ENSMUST00000171531 519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Tbc1d22b-201ENSMUST00000048677 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Ddhd1-202ENSMUST00000087320 9820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Gm43352-201ENSMUST00000196419 3065 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Tmem185b-202ENSMUST00000183952 2824 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Hsp90b1-201ENSMUST00000020238 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Magi1-208ENSMUST00000204347 7929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Rab23-201ENSMUST00000088287 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Cdhr5-201ENSMUST00000080654 2133 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Lire1P11260 Fam184a-201ENSMUST00000020003 4164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Chtop-206ENSMUST00000107344 2972 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Ctdp1-201ENSMUST00000036229 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Eef1e1-201ENSMUST00000001757 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Luc7l3-201ENSMUST00000021226 3373 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Socs7-201ENSMUST00000045540 7015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Tpm2-203ENSMUST00000107914 1164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Zkscan8-202ENSMUST00000110481 728 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Lire1P11260 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.8 ms