Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Fxyd1-202ENSMUST00000071697 522 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
Scn4aQ9ER60 Pcgf1-201ENSMUST00000092614 866 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Scn4aQ9ER60 Ccdc58-201ENSMUST00000099937 747 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
Scn4aQ9ER60 Pde1b-201ENSMUST00000023132 3218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Scn4aQ9ER60 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
Scn4aQ9ER60 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Cd1d1-202ENSMUST00000063869 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Prrx2-202ENSMUST00000113592 1070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Pfdn6-205ENSMUST00000174426 396 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 4833428L15Rik-201ENSMUST00000181230 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm44756-201ENSMUST00000206172 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Sec14l1-203ENSMUST00000103026 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Nr1i3-203ENSMUST00000111328 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm4875-201ENSMUST00000118257 786 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm31326-201ENSMUST00000191856 1048 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm38225-201ENSMUST00000194001 393 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm43703-201ENSMUST00000200523 763 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm13994-201ENSMUST00000137397 513 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm12212-201ENSMUST00000141032 378 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Idh2-207ENSMUST00000206714 392 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Coa6-202ENSMUST00000211868 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Tmod4-201ENSMUST00000005769 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Rgs9-202ENSMUST00000103062 1743 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm9115-201ENSMUST00000120192 1348 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Nsun5-201ENSMUST00000000940 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Slpi-201ENSMUST00000109367 876 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm5303-201ENSMUST00000117943 1252 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 R3hcc1-201ENSMUST00000118374 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 N6amt1-201ENSMUST00000054442 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Cbx6-201ENSMUST00000109623 996 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 1700049J03Rik-201ENSMUST00000011196 421 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm11543-201ENSMUST00000120758 370 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm42420-201ENSMUST00000126621 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Parp6-201ENSMUST00000026267 2709 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Agfg1-204ENSMUST00000186302 2352 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Cfap69-205ENSMUST00000135252 2188 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Hcrt-202ENSMUST00000107360 509 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Nfu1-203ENSMUST00000120240 1195 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Polr2h-201ENSMUST00000021405 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Calml4-201ENSMUST00000034777 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 D430001F17Rik-201ENSMUST00000141344 1858 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Mroh5-201ENSMUST00000071419 2766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Aurkaip1-202ENSMUST00000105591 773 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Mir1247-201ENSMUST00000116706 82 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Smim5-201ENSMUST00000131566 700 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Taf11-201ENSMUST00000025057 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Il31-201ENSMUST00000031389 806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Wdr74-201ENSMUST00000049424 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Lce3a-201ENSMUST00000067318 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Irf1-201ENSMUST00000019043 2069 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm36445-201ENSMUST00000209344 1432 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Nrbf2-201ENSMUST00000077839 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm4204-201ENSMUST00000110798 1231 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Emp3-202ENSMUST00000164119 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Srpx-203ENSMUST00000115544 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 2610035D17Rik-201ENSMUST00000127263 1861 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Stk35-201ENSMUST00000165413 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Ewsr1-203ENSMUST00000079949 2588 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Hist3h2bb-ps-201ENSMUST00000117558 465 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm12957-201ENSMUST00000117835 377 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm11918-201ENSMUST00000121660 179 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm12352-201ENSMUST00000154452 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Smim22-206ENSMUST00000184256 381 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm44170-201ENSMUST00000203181 549 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Gm45195-201ENSMUST00000205597 1008 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Tmco5b-201ENSMUST00000040856 1237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Scn4aQ9ER60 Hspb8-201ENSMUST00000036991 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Pdgfrl-201ENSMUST00000034004 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gtf2h4-207ENSMUST00000160734 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Pick1-206ENSMUST00000166155 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Fpgs-201ENSMUST00000028148 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Slfnl1-201ENSMUST00000062990 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Gm18624-201ENSMUST00000220966 658 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Pdlim7-202ENSMUST00000069929 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Scn4aQ9ER60 Ptpa-202ENSMUST00000113601 1838 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 48.9 ms