Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Dip2b-202ENSMUST00000100203 8914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Gas2l2-201ENSMUST00000052521 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Wdr91-201ENSMUST00000081214 2682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Gm13559-201ENSMUST00000120476 863 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Gm15690-201ENSMUST00000128728 432 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Gm28402-201ENSMUST00000188574 373 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Olfr317-201ENSMUST00000075607 1128 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Brd3-203ENSMUST00000113941 5289 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Pxn-201ENSMUST00000067268 3706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Llgl1-201ENSMUST00000052346 4303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Fut7-203ENSMUST00000114278 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Fut7-201ENSMUST00000041654 1970 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Jam2-201ENSMUST00000098407 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Sec24a-204ENSMUST00000109097 6581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Gm26825-201ENSMUST00000181751 2026 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Med15-202ENSMUST00000080936 3263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Fgf11-202ENSMUST00000102585 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 C130074G19Rik-201ENSMUST00000048308 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Tbc1d1-203ENSMUST00000119756 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Add1-203ENSMUST00000114335 4547 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Smarcc1-204ENSMUST00000197984 3538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Kitl-202ENSMUST00000105283 5648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Use1Q9CQ56 Elp6-201ENSMUST00000068071 2219 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Slc9a3r1-201ENSMUST00000021077 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Rgma-204ENSMUST00000139780 3371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Col13a1-203ENSMUST00000105452 3037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Fip1l1-203ENSMUST00000113535 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Arpc4-204ENSMUST00000204802 794 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Iscu-201ENSMUST00000026937 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Sil1-201ENSMUST00000025215 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ptprm-202ENSMUST00000223982 4802 ntAPPRIS P2 BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 March4-201ENSMUST00000047786 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Rbfox2-206ENSMUST00000227314 1810 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Inhbc-201ENSMUST00000026472 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Rhbg-201ENSMUST00000171887 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Zkscan17-202ENSMUST00000101150 3771 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ifitm10-201ENSMUST00000059223 3412 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Kif1c-201ENSMUST00000072187 5046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ube2o-201ENSMUST00000082152 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Sap18-203ENSMUST00000111269 459 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Atp6v1g2-203ENSMUST00000130992 524 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Bax-201ENSMUST00000033093 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Paxbp1-202ENSMUST00000118522 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Pnpo-201ENSMUST00000018803 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Snx8-201ENSMUST00000031539 2627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Fndc3a-201ENSMUST00000089017 6143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Zfp316-202ENSMUST00000161448 6891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Crk-201ENSMUST00000017920 3642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ddi2-201ENSMUST00000102484 9553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Bahd1-201ENSMUST00000036578 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Zfp786-201ENSMUST00000058844 3191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Mief2-201ENSMUST00000018743 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Rcbtb1-201ENSMUST00000022551 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Shank3-201ENSMUST00000039074 7131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Insig1-201ENSMUST00000059155 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Lgr6-202ENSMUST00000137968 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Dctd-203ENSMUST00000170263 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Bcl7c-205ENSMUST00000205977 891 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Zfpl1-201ENSMUST00000025707 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Rpl27-201ENSMUST00000077856 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Hist1h3g-201ENSMUST00000080859 530 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Kdm3a-201ENSMUST00000065509 4816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Papd4-205ENSMUST00000225868 3081 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 I0C0044D17Rik-201ENSMUST00000097964 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Gm6588-201ENSMUST00000100882 2313 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Fam214b-204ENSMUST00000107958 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Fzd10-201ENSMUST00000117102 3250 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Cilp2-201ENSMUST00000057831 4314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Arvcf-205ENSMUST00000115614 4698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Axin1-201ENSMUST00000074370 3777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Cant1-204ENSMUST00000106288 2873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 E330009J07Rik-202ENSMUST00000101492 6742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Cuedc1-201ENSMUST00000018522 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Use1Q9CQ56 Abl1-201ENSMUST00000028190 5794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms