Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Kctd20-208ENSMUST00000168507 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Myef2-201ENSMUST00000067780 2999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Ephb4-201ENSMUST00000061244 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Spock3-204ENSMUST00000119068 3201 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Wipf3-204ENSMUST00000132855 4516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Chst5-201ENSMUST00000034430 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 St8sia5-201ENSMUST00000075290 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 0610010K14Rik-207ENSMUST00000108577 659 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 4933412L11Rik-201ENSMUST00000203702 1044 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Dusp14-205ENSMUST00000164891 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Sdf4-203ENSMUST00000105578 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Rgs6-206ENSMUST00000186309 1693 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Poli-203ENSMUST00000159389 2662 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Lrriq3-201ENSMUST00000029833 2652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pde1c-203ENSMUST00000164037 3068 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Cux2-201ENSMUST00000086317 5113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Raxos1-201ENSMUST00000181100 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Nipa2-201ENSMUST00000032635 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Tuba1c-201ENSMUST00000058914 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Haspin-201ENSMUST00000052140 2810 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Lrrfip2-207ENSMUST00000197256 1819 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pi4k2a-201ENSMUST00000066778 3771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pcdha9-201ENSMUST00000115659 5341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Fam221a-201ENSMUST00000060561 2730 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Zpr1-206ENSMUST00000156440 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Gm26663-201ENSMUST00000181105 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Nrip1-201ENSMUST00000054178 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pola2-202ENSMUST00000165143 2397 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Cryl1-201ENSMUST00000022517 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Arhgef12-202ENSMUST00000165665 10752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Gm6623-201ENSMUST00000173570 544 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Gm44973-201ENSMUST00000207050 1003 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Gm19935-201ENSMUST00000209208 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 AC156576.2-201ENSMUST00000222752 503 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 4933427J07Rik-201ENSMUST00000156275 1533 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Samd4-204ENSMUST00000125688 1773 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Layn-201ENSMUST00000098782 1786 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Adck1-204ENSMUST00000222695 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Mapk8ip3-208ENSMUST00000121787 5431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Pex12-205ENSMUST00000175741 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Chrm3-202ENSMUST00000187510 4336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Zfp740-202ENSMUST00000119168 3932 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Rasgef1b-205ENSMUST00000161148 2430 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Gm44443-201ENSMUST00000204396 5633 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Mapt-202ENSMUST00000106988 2202 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Slc6a1-204ENSMUST00000204074 1740 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Tmem170-201ENSMUST00000034431 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Zfp384-207ENSMUST00000112427 3072 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Narfl-201ENSMUST00000002350 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Shox2-202ENSMUST00000162060 1537 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Alk-201ENSMUST00000086639 4866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Gm44450-201ENSMUST00000199528 114 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Snx9-201ENSMUST00000002436 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Ggnbp2-203ENSMUST00000108081 3034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Nrn1-201ENSMUST00000037623 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Krt6b-201ENSMUST00000023786 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Crem-203ENSMUST00000082141 2820 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Cadps2-205ENSMUST00000115358 4848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Atxn7-202ENSMUST00000223714 2954 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Eda-209ENSMUST00000113783 4930 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Wnk2-207ENSMUST00000159559 6584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Bnip2-201ENSMUST00000034754 2464 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Nyx-201ENSMUST00000050434 5183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Rbm47-203ENSMUST00000113724 2186 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Apoa5-202ENSMUST00000121598 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Trim3Q9R1R2 Wdr12-202ENSMUST00000117438 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Fam46b-201ENSMUST00000051676 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Klf5-201ENSMUST00000005279 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Grhl2-203ENSMUST00000161405 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Kif7-201ENSMUST00000059836 4521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Tmtc2-201ENSMUST00000061506 5629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Trim3Q9R1R2 Gm7284-201ENSMUST00000131667 944 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.3 ms