Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 RNU6-18P-201ENST00000384527 107 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-1222P-201ENST00000384615 107 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-1093P-201ENST00000391194 107 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MIR548F4-201ENST00000408515 105 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNA5SP504-201ENST00000410676 117 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RPL21P38-201ENST00000418090 167 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL590556.1-201ENST00000423231 483 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL358176.2-201ENST00000425769 204 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 EIF1P2-201ENST00000428233 350 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC108488.2-201ENST00000438485 421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL591501.1-201ENST00000439992 495 ntTSL 5 BASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL442638.1-201ENST00000443359 237 ntTSL 5 BASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL590422.1-201ENST00000451829 364 ntTSL 3 BASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 MTCO3P8-201ENST00000453691 755 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC093893.1-201ENST00000505781 510 ntTSL 5 BASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-264P-201ENST00000517134 104 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 RNU6-58P-201ENST00000517143 103 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AC136932.1-201ENST00000574771 208 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 AL034555.1-201ENST00000604816 211 ntBASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 ETDC-201ENST00000635820 180 ntAPPRIS P1 BASIC1.34□□□□□ -2.19
SHHQ15465 HIF1A-212ENST00000557538 3468 ntTSL 1 (best) BASIC1.34□□□□□ -2.2
SHHQ15465 CYLC1-201ENST00000329312 2106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC1.34□□□□□ -2.2
SHHQ15465 ABCA5-201ENST00000392676 8220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.158-201ENST00000363651 101 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.389-201ENST00000383924 113 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR216A-201ENST00000385063 110 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU11-3P-201ENST00000391111 133 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR208B-201ENST00000401172 77 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-985P-201ENST00000410182 104 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNA5SP201-201ENST00000410316 124 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RN7SKP61-201ENST00000410642 295 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNA5SP501-201ENST00000410990 112 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-1245P-201ENST00000411130 106 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC012306.1-201ENST00000423267 114 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORA25.10-201ENST00000515926 124 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-764P-201ENST00000516396 105 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-988P-201ENST00000519081 107 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC040926.1-201ENST00000530195 238 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC021231.3-201ENST00000558497 370 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC090510.1-201ENST00000567456 425 ntTSL 3 BASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 7SK.7-201ENST00000603504 247 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 PCGEM1.1-201ENST00000613431 131 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 U2.1-201ENST00000618978 145 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR1248-201ENST00000629190 106 ntBASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 NPAT-201ENST00000278612 6117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC1.33□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR126-201ENST00000362291 85 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-1301P-201ENST00000362724 104 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-743P-201ENST00000364151 106 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.286-201ENST00000364813 102 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.319-201ENST00000365138 92 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.396-201ENST00000383949 103 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.415-201ENST00000384012 112 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-639P-201ENST00000384074 107 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-281P-201ENST00000384212 103 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR597-201ENST00000384968 97 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORA48.1-201ENST00000390879 135 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.597-201ENST00000410463 100 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC007098.1-201ENST00000420122 367 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RPEP5-201ENST00000441137 268 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 HSPE1P24-201ENST00000450782 238 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC091179.3-201ENST00000474761 144 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC087343.1-201ENST00000477341 475 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RPS23P4-201ENST00000487908 423 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.720-201ENST00000517166 92 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.721-201ENST00000517207 102 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC131281.1-201ENST00000522984 164 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC008269.2-201ENST00000561915 1105 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR4295-201ENST00000585286 85 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC124312.5-201ENST00000604451 268 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AL161716.1-201ENST00000606365 273 ntTSL 5 BASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 DLX6-AS1_2.1-201ENST00000613701 207 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC133104.2-201ENST00000615272 193 ntBASIC1.32□□□□□ -2.2
SHHQ15465 C1orf141-205ENST00000475209 2079 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.16-201ENST00000362421 102 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-879P-201ENST00000364328 108 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU4-9P-201ENST00000364951 139 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.455-201ENST00000384230 98 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.458-201ENST00000384240 102 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-937P-201ENST00000384325 106 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR329-1-201ENST00000385028 80 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MIR30A-201ENST00000385092 71 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MT-TW-201ENST00000387382 68 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 SNORA69.1-201ENST00000390904 137 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-700P-201ENST00000391043 107 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MTCYBP10-201ENST00000424905 650 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC099799.1-201ENST00000439809 192 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RPS29P29-201ENST00000456396 171 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU1-131P-201ENST00000458943 161 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-1132P-201ENST00000459214 107 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RPL26P26-201ENST00000480251 434 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC016632.1-201ENST00000503994 196 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 MRPS35P2-201ENST00000508242 191 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU7-175P-201ENST00000515915 61 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.680-201ENST00000516441 93 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-635P-201ENST00000516651 102 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-1098P-201ENST00000516772 96 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 Y_RNA.715-201ENST00000517082 110 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 RNU6-897P-201ENST00000517135 105 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC007991.3-201ENST00000517623 502 ntTSL 4 BASIC1.31□□□□□ -2.2
SHHQ15465 AC093023.1-201ENST00000547375 507 ntBASIC1.31□□□□□ -2.2
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