Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm13517-201ENSMUST00000120782 1495 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Pde7b-206ENSMUST00000170265 1380 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm5914-202ENSMUST00000182863 375 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Tnfrsf19-205ENSMUST00000225730 744 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Ccdc182-201ENSMUST00000037268 1204 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Fbxo8-202ENSMUST00000110322 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Ntng2-210ENSMUST00000177689 1679 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Tssc4-201ENSMUST00000060433 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Palm-202ENSMUST00000105379 2519 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Tfap2b-202ENSMUST00000064976 1946 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cmss1-201ENSMUST00000114371 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Mettl26-204ENSMUST00000169085 324 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm43755-201ENSMUST00000200001 408 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm9803-202ENSMUST00000216543 456 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Adgrv1-207ENSMUST00000128585 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Slc10a3-202ENSMUST00000073067 1910 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm8237-201ENSMUST00000164484 2051 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Slc31a2-203ENSMUST00000107468 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm13066-201ENSMUST00000145263 884 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 4933405L10Rik-202ENSMUST00000211852 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Dmkn-203ENSMUST00000085688 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Mocs2-207ENSMUST00000166104 1193 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm19164-201ENSMUST00000210667 640 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Lsp1-203ENSMUST00000105966 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Kat5-201ENSMUST00000113641 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Zbtb48-201ENSMUST00000066715 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Cnn2-201ENSMUST00000004784 2460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Dmtn-210ENSMUST00000228824 2377 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Zfyve19-202ENSMUST00000102519 1505 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Eldr-203ENSMUST00000130392 1540 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm22189-201ENSMUST00000103822 86 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Klk11-202ENSMUST00000171458 1260 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm27838-201ENSMUST00000184829 128 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ighv5-13-201ENSMUST00000193550 290 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 1700016B15Rik-201ENSMUST00000209027 733 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 AC154231.1-201ENSMUST00000220564 2175 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Olah-202ENSMUST00000115087 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Chga-201ENSMUST00000021610 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Eif2b2-201ENSMUST00000004910 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm29455-202ENSMUST00000186697 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ptgis-201ENSMUST00000018113 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm15384-201ENSMUST00000138832 486 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm20753-201ENSMUST00000190105 545 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gas2-203ENSMUST00000107591 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Miip-206ENSMUST00000172710 1769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Wdyhv1-201ENSMUST00000067563 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ywhaq-201ENSMUST00000049531 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm29520-201ENSMUST00000191209 1067 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ramp3-201ENSMUST00000045374 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gata1-201ENSMUST00000033502 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm13344-201ENSMUST00000137714 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Slc22a18-201ENSMUST00000052348 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Pantr2-201ENSMUST00000180589 463 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm44344-201ENSMUST00000200287 129 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm45892-201ENSMUST00000212627 273 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Haus1-201ENSMUST00000048192 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 2810013P06Rik-201ENSMUST00000186531 2137 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Cldn14-204ENSMUST00000169391 1456 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm7901-201ENSMUST00000120430 1597 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Akt2-ps-201ENSMUST00000120718 1449 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm14042-201ENSMUST00000120139 833 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Pcgf1-202ENSMUST00000165164 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Tmprss5-204ENSMUST00000167095 1146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 BC051226-201ENSMUST00000172526 837 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm45331-201ENSMUST00000209868 554 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 AC166349.1-201ENSMUST00000220866 695 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Ifitm3-201ENSMUST00000026565 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Galnt6os-201ENSMUST00000160960 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 2610206C17Rik-201ENSMUST00000129059 1717 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Elovl1-207ENSMUST00000167636 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Tbc1d2-202ENSMUST00000107750 1941 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Serpine3-201ENSMUST00000171692 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Arid3c-201ENSMUST00000084698 1417 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Gm28631-201ENSMUST00000190740 334 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 1700072B07Rik-201ENSMUST00000191141 445 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Scn4aQ9ER60 Mpc1-201ENSMUST00000046754 920 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms