Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Cpeb2-205ENSMUST00000169035 7050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Nhlrc4-201ENSMUST00000085027 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Taf5-201ENSMUST00000026027 3258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pigw-202ENSMUST00000108080 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Fam178b-202ENSMUST00000170295 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 AC093043.3-201ENSMUST00000226531 2273 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Fam83h-202ENSMUST00000170153 4534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Kctd15-203ENSMUST00000108070 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm26578-201ENSMUST00000181702 4611 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm26627-201ENSMUST00000181540 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm14641-201ENSMUST00000136486 452 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm42884-202ENSMUST00000202523 423 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Mvb12a-201ENSMUST00000034272 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pde8b-201ENSMUST00000022192 2517 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Kri1-205ENSMUST00000184326 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Igdcc3-203ENSMUST00000217371 3183 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Prkag2-203ENSMUST00000114975 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Zfp995-205ENSMUST00000190066 2221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Cpne6-207ENSMUST00000171643 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm19569-202ENSMUST00000184658 1305 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Nkx1-2-201ENSMUST00000054562 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Nanos1-201ENSMUST00000088237 3927 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Ttll11-202ENSMUST00000112976 3077 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pias4-201ENSMUST00000005064 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rundc3b-201ENSMUST00000047485 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Bad-202ENSMUST00000113423 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm2479-201ENSMUST00000173312 1053 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm7213-201ENSMUST00000215977 950 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Grhpr-201ENSMUST00000045078 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Fbxo17-203ENSMUST00000108279 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Dmc1-201ENSMUST00000023065 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pitpna-206ENSMUST00000179521 3727 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Tap1-201ENSMUST00000041633 2614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Slc24a4-202ENSMUST00000159329 4465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gprin1-201ENSMUST00000099506 4141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rmnd5b-201ENSMUST00000001081 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Mir22hg-202ENSMUST00000149940 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rgp1-203ENSMUST00000117140 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Fnbp1-208ENSMUST00000113560 4726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 AC013548.1-201ENSMUST00000228850 4738 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Usp27x-201ENSMUST00000115744 3240 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Fam160a2-203ENSMUST00000118726 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Rsph6a-202ENSMUST00000076887 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Lmo4-202ENSMUST00000121112 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Klhl33-202ENSMUST00000170855 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm26889-201ENSMUST00000181523 2252 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Efr3b-201ENSMUST00000111178 6547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 C1qtnf5-202ENSMUST00000114816 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 2810013P06Rik-201ENSMUST00000186531 2137 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm29707-201ENSMUST00000196325 491 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 4930554C24Rik-202ENSMUST00000216019 1159 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Kcnq4-201ENSMUST00000030376 3919 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Dmtn-201ENSMUST00000022694 5418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Pqlc1-205ENSMUST00000131780 2080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Use1Q9CQ56 Hexb-201ENSMUST00000022169 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Chaf1b-201ENSMUST00000023666 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Npnt-206ENSMUST00000117811 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 App-203ENSMUST00000226801 3299 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Rarg-202ENSMUST00000063339 2718 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Gm26892-201ENSMUST00000181695 1636 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Hspa1b-201ENSMUST00000172753 2803 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Miga1-205ENSMUST00000199397 2842 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Chuk-202ENSMUST00000119591 3481 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Uxs1-202ENSMUST00000126008 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Ruvbl2-201ENSMUST00000107771 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Btbd3-202ENSMUST00000091556 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Use1Q9CQ56 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.9 ms