Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Oas1g-201ENSMUST00000086368 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa5-202ENSMUST00000118558 315 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa1-201ENSMUST00000016571 419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Pantr2-201ENSMUST00000180589 463 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Avpi1-201ENSMUST00000018965 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 5033428I22Rik-203ENSMUST00000210614 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 AC122024.2-201ENSMUST00000220086 871 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Crb3-201ENSMUST00000071826 1194 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs8-201ENSMUST00000075092 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Exoc3l2-202ENSMUST00000137613 4016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Htatip2-201ENSMUST00000085272 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Pcbp3-206ENSMUST00000168465 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24513-201ENSMUST00000174964 138 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Vsig2-206ENSMUST00000215957 851 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gabrd-201ENSMUST00000030925 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Rcc1-203ENSMUST00000105951 2326 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gjb1-203ENSMUST00000119190 1585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 AC127302.2-201ENSMUST00000215212 268 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ggn-204ENSMUST00000208330 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Men1-204ENSMUST00000113500 2742 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 6430710C18Rik-203ENSMUST00000136807 1540 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Krt73-201ENSMUST00000063292 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Mbd6-202ENSMUST00000119078 4287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Taf3-202ENSMUST00000114906 583 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Pcp2-204ENSMUST00000136105 504 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Tspyl-ps-201ENSMUST00000220692 1117 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl54-201ENSMUST00000046114 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17018-201ENSMUST00000047057 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3739-201ENSMUST00000165744 2011 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Adam22-201ENSMUST00000046838 2773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Prnp-201ENSMUST00000091288 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Sf1-203ENSMUST00000113488 2282 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Arrdc1-202ENSMUST00000102935 1574 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Atg4c-201ENSMUST00000030279 3178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Cul1-201ENSMUST00000031697 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Prdm12-201ENSMUST00000113470 2471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ntng2-210ENSMUST00000177689 1679 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Ormdl3-201ENSMUST00000052919 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 AC174742.1-201ENSMUST00000218272 304 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Snn-201ENSMUST00000089011 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Larp1b-205ENSMUST00000191805 1581 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp668-203ENSMUST00000106262 3169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 2610206C17Rik-201ENSMUST00000129059 1717 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Sigirr-206ENSMUST00000210167 1897 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Lhfp-203ENSMUST00000147139 1932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Ccdc88bQ4QRL3 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Cul4a-201ENSMUST00000016680 3728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Mettl16-201ENSMUST00000010698 2073 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Acaa1b-201ENSMUST00000010795 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Naa10-203ENSMUST00000114387 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5648-201ENSMUST00000122244 1587 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Haghl-211ENSMUST00000150324 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 A230103J11Rik-202ENSMUST00000156084 2086 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27397-201ENSMUST00000184997 107 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gsdmcl2-204ENSMUST00000186026 736 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gsdmcl1-202ENSMUST00000190937 735 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Grk6-207ENSMUST00000225925 2769 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp706-204ENSMUST00000226671 447 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gnptg-201ENSMUST00000038973 1234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Cd151-201ENSMUST00000058746 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc6l2-203ENSMUST00000067821 2743 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2d-201ENSMUST00000086374 1264 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Atmin-201ENSMUST00000109099 4877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Haglr-201ENSMUST00000100000 2085 ntBASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rps6kb2-201ENSMUST00000025749 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Smtnl1-201ENSMUST00000028471 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rabl2-201ENSMUST00000023294 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Klk6-202ENSMUST00000107967 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5253-201ENSMUST00000187104 1025 ntBASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl8-201ENSMUST00000004072 862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 1500035N22Rik-201ENSMUST00000075081 865 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Nfib-204ENSMUST00000107246 3075 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rabepk-202ENSMUST00000113086 1106 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 BC028777-201ENSMUST00000137883 985 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Med11-202ENSMUST00000151013 445 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Grtp1-201ENSMUST00000165605 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Sap25-206ENSMUST00000177466 1005 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rps2-ps5-201ENSMUST00000184266 849 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 6030498E09Rik-201ENSMUST00000050744 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rint1-205ENSMUST00000120869 1886 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gdpd2-202ENSMUST00000113744 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd4b1-201ENSMUST00000163705 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Gnaz-201ENSMUST00000037813 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc57-202ENSMUST00000102497 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Cant1-204ENSMUST00000106288 2873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Fau-202ENSMUST00000178310 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Higd1a-206ENSMUST00000215300 605 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox6-201ENSMUST00000006362 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2b5-201ENSMUST00000003320 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.3 ms