Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Micall2-201ENSMUST00000044642 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 C77080-201ENSMUST00000052602 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Hpse-201ENSMUST00000045617 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Uvrag-201ENSMUST00000037968 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 A130010J15Rik-201ENSMUST00000110831 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Sirpa-202ENSMUST00000099113 3342 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gpd1l-204ENSMUST00000146623 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Miga1-202ENSMUST00000073089 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Zfp362-201ENSMUST00000071108 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tmem116-204ENSMUST00000111795 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Lhx3-201ENSMUST00000028302 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ttc22-201ENSMUST00000047922 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm16425-201ENSMUST00000118143 3130 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Rps19-201ENSMUST00000108428 1284 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Fbxl21-202ENSMUST00000121095 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 4930412F09Rik-201ENSMUST00000139006 1017 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Il4-203ENSMUST00000140684 530 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ptbp3-204ENSMUST00000140925 606 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Il4-204ENSMUST00000150568 605 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm37102-201ENSMUST00000195740 1105 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Il4-201ENSMUST00000000889 590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tor1aip1-201ENSMUST00000027738 1952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 A430034D21Rik-201ENSMUST00000194339 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Msl2-201ENSMUST00000085177 4889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Mrc2-202ENSMUST00000100335 5795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Clcn2-201ENSMUST00000007207 3128 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Mospd2-201ENSMUST00000004715 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tomm70a-201ENSMUST00000166897 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 G2e3-202ENSMUST00000119211 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gatad2a-203ENSMUST00000177851 5007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Vps51-204ENSMUST00000159832 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Llgl1-201ENSMUST00000052346 4303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Pptc7-202ENSMUST00000119015 2233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Nfkb1-201ENSMUST00000029812 4117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Krt13-201ENSMUST00000007275 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Adcy1-201ENSMUST00000020706 12259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Wdfy1-202ENSMUST00000113510 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Wdfy1-203ENSMUST00000113511 704 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 AI507597-201ENSMUST00000140726 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Nnat-205ENSMUST00000153739 1146 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Nnat-210ENSMUST00000173839 1135 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm21168-201ENSMUST00000199646 1096 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Wdfy1-201ENSMUST00000048820 717 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 A430010J10Rik-201ENSMUST00000054470 408 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Cilp2-201ENSMUST00000057831 4314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Carmn-201ENSMUST00000181155 1778 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Elavl3-203ENSMUST00000215901 3037 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Txnrd1-206ENSMUST00000219442 3531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tbc1d22b-201ENSMUST00000048677 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Phf8-204ENSMUST00000112666 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Git2-204ENSMUST00000112185 5032 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Pygo2-201ENSMUST00000060061 3198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ak1-203ENSMUST00000113278 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Hebp2-203ENSMUST00000214548 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Klhl26-204ENSMUST00000209567 2615 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tfap2a-203ENSMUST00000223869 2037 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Pnck-202ENSMUST00000114472 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ttc14-202ENSMUST00000108210 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm2788-204ENSMUST00000209288 1966 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm5408-201ENSMUST00000197998 747 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 4930449I04Rik-201ENSMUST00000198191 1123 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm45822-201ENSMUST00000212231 259 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Nrn1l-201ENSMUST00000060167 617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Tle1-203ENSMUST00000074216 4369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Gm9768-201ENSMUST00000206007 2861 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Cyp4f37-201ENSMUST00000077639 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Rnf40Q3U319 Garem2-201ENSMUST00000058045 3865 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.6 ms