Protein–RNA interactions for Protein: Q9QXK7

Cpsf3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, mousemouse

Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Cpsf3Q9QXK7 Tsnax-201ENSMUST00000075896 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Pofut2-201ENSMUST00000020493 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Pisd-201ENSMUST00000061895 2183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Plppr3-207ENSMUST00000167250 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Dnase2a-202ENSMUST00000109744 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Arrdc1-201ENSMUST00000028349 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Bud23-201ENSMUST00000071677 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Col11a2-202ENSMUST00000114252 5620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Ints8-202ENSMUST00000108318 3169 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Psen2-203ENSMUST00000111105 1575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Zfp277-201ENSMUST00000069637 2188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Katnbl1-201ENSMUST00000028552 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Rbm11-201ENSMUST00000046378 1400 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Arpc1b-211ENSMUST00000196111 1394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Kat5-201ENSMUST00000113641 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Degs1-201ENSMUST00000035295 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gm12644-201ENSMUST00000119935 606 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gm12999-201ENSMUST00000124471 485 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Abcb10-201ENSMUST00000075578 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Hpn-201ENSMUST00000039435 1743 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Sh3gl2-203ENSMUST00000107188 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Pcsk5-202ENSMUST00000050715 5783 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Rtn1-201ENSMUST00000021497 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Scrt1-202ENSMUST00000164703 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Klf9-201ENSMUST00000036884 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Zfp865-203ENSMUST00000085427 2751 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gm29455-202ENSMUST00000186697 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Stam-202ENSMUST00000102960 5000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Ostf1-201ENSMUST00000025631 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Cdk17-201ENSMUST00000069965 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Tmem214-201ENSMUST00000114716 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Clasrp-201ENSMUST00000086041 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Rgs9-202ENSMUST00000103062 1743 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gpr142-202ENSMUST00000106584 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Crybb1-202ENSMUST00000112375 793 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 C030037D09Rik-202ENSMUST00000136201 1216 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Arhgap33-206ENSMUST00000208522 781 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 AC133183.1-201ENSMUST00000221229 429 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gpr142-201ENSMUST00000045319 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Slc48a1-201ENSMUST00000117892 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Tead3-201ENSMUST00000114799 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Efr3a-201ENSMUST00000015146 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Fhl1-203ENSMUST00000114769 2770 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Nap1l1-201ENSMUST00000065917 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Sh3yl1-201ENSMUST00000020997 1750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Sept11-205ENSMUST00000201700 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Znrf1-201ENSMUST00000095176 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Upp1-205ENSMUST00000164791 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 9530052E02Rik-201ENSMUST00000180750 949 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Gm44930-202ENSMUST00000208733 689 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Mn1-201ENSMUST00000094463 6860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Dtx2-202ENSMUST00000111142 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Pnpla2-202ENSMUST00000064151 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Plekha8-202ENSMUST00000119706 6739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Ctcf-201ENSMUST00000005841 3782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Uts2r-201ENSMUST00000039044 1703 ntAPPRIS P1 BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Cnksr2-201ENSMUST00000026750 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Slc22a16-202ENSMUST00000078314 2269 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Zfp622-201ENSMUST00000061875 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Agfg1-204ENSMUST00000186302 2352 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Kcnq2-201ENSMUST00000016491 3067 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Pemt-203ENSMUST00000102693 961 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Edf1-201ENSMUST00000015236 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Cmtm5-203ENSMUST00000227441 610 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Dupd1-201ENSMUST00000073870 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Acbd3-201ENSMUST00000027780 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Ubb-201ENSMUST00000019649 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Mycn-201ENSMUST00000043396 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Smox-203ENSMUST00000110180 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Mtmr12-201ENSMUST00000038172 6840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Slc5a10-203ENSMUST00000148584 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Cpsf3Q9QXK7 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.2 ms