Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Lrcol1-202ENSMUST00000185691 764 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 AU022751-201ENSMUST00000101698 1838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Plcxd1-201ENSMUST00000086687 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Pdzd11-201ENSMUST00000015812 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Akirin2-201ENSMUST00000084299 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Acat2-203ENSMUST00000159697 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Acat3-201ENSMUST00000043923 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Nxf1-202ENSMUST00000010248 748 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Pisd-ps1-201ENSMUST00000119128 1115 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Dmkn-201ENSMUST00000041703 662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Serpina16-201ENSMUST00000095451 1257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 P2rx3-201ENSMUST00000028465 1812 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Htr3a-201ENSMUST00000003826 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Mesp2-201ENSMUST00000107394 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Park7-204ENSMUST00000105675 882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm13015-201ENSMUST00000118674 204 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Dph3-205ENSMUST00000124303 809 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm37748-201ENSMUST00000194379 1140 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 AY702102-202ENSMUST00000194651 1173 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm10244-201ENSMUST00000090237 830 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Parp16-205ENSMUST00000216702 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Paqr4-201ENSMUST00000024702 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 A930012L18Rik-201ENSMUST00000181094 2364 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Mfsd10-202ENSMUST00000114329 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Nudt1-204ENSMUST00000110826 606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm14767-201ENSMUST00000121559 586 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Fam69a-201ENSMUST00000031198 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Nfic-207ENSMUST00000221817 1531 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm4353-201ENSMUST00000111755 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Nup35-201ENSMUST00000028382 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Scn4aQ9ER60 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Icam4-201ENSMUST00000001040 971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Msmp-201ENSMUST00000107884 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rgs19-203ENSMUST00000108771 1110 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rgs19-205ENSMUST00000108776 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rhox2h-201ENSMUST00000115162 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm13829-201ENSMUST00000119600 138 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rpl34-ps1-201ENSMUST00000121998 354 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm15420-201ENSMUST00000133274 382 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gstp2-201ENSMUST00000042700 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rpl34-ps2-201ENSMUST00000081679 354 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm10154-201ENSMUST00000084445 354 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 D930028M14Rik-201ENSMUST00000098678 1003 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Lmnb2-202ENSMUST00000105332 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Selenoh-202ENSMUST00000102647 654 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Dancr-202ENSMUST00000120364 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cdk2ap2-204ENSMUST00000174514 669 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Poc1a-205ENSMUST00000191434 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm6266-201ENSMUST00000203844 806 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Tmem199-201ENSMUST00000052566 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cd82-202ENSMUST00000099696 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cldn9-201ENSMUST00000085989 1435 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm42743-201ENSMUST00000051089 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Pqlc2-201ENSMUST00000053862 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 1010001B22Rik-201ENSMUST00000181488 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm26808-201ENSMUST00000181569 411 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Nradd-201ENSMUST00000035069 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Acaa1b-201ENSMUST00000010795 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Atg7-215ENSMUST00000183165 2012 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm9824-201ENSMUST00000178707 561 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Pim2-204ENSMUST00000223553 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Inhbc-201ENSMUST00000026472 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Serpine2-201ENSMUST00000027467 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Atp6v0d1-201ENSMUST00000013304 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Hnrnph2-201ENSMUST00000050331 1701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Xkr4-201ENSMUST00000070533 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Mul1-203ENSMUST00000105815 473 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Otx2os1-202ENSMUST00000183803 743 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Mzt2-201ENSMUST00000023351 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Fthl17c-201ENSMUST00000075792 850 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Sbk2-205ENSMUST00000208109 1422 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Rtkn-203ENSMUST00000121093 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Kcnc3-207ENSMUST00000209177 2960 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Zdhhc4-208ENSMUST00000161915 1216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Pomc-201ENSMUST00000020990 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cited1-201ENSMUST00000050551 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Egfl7-212ENSMUST00000166920 1391 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Chtf8-206ENSMUST00000177068 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Neu1-201ENSMUST00000007253 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gm4219-201ENSMUST00000168140 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Il17re-203ENSMUST00000101065 1973 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Spdef-201ENSMUST00000025054 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Scn4aQ9ER60 Gal3st1-203ENSMUST00000109981 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24 ms