Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Phf7-201ENSMUST00000022459 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Bcor-204ENSMUST00000115513 6941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Pafah1b3-207ENSMUST00000155118 679 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Erdr1-203ENSMUST00000179077 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Gm17971-201ENSMUST00000190239 806 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Hikeshi-207ENSMUST00000207309 835 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Rpl18-204ENSMUST00000209693 535 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ptn-201ENSMUST00000101534 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Slc25a23-201ENSMUST00000040280 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Nadk2-203ENSMUST00000100790 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Dmgdh-201ENSMUST00000048001 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Klhdc10-201ENSMUST00000068240 3951 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Krt9-201ENSMUST00000059707 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Jade2-202ENSMUST00000109090 6230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Cnksr2-201ENSMUST00000026750 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Chn1-203ENSMUST00000112024 4050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Chn1-210ENSMUST00000180045 4050 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Whrn-201ENSMUST00000063650 4016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Klhl42-201ENSMUST00000036003 6267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Strn-203ENSMUST00000145910 8629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Slc44a1-201ENSMUST00000102911 3102 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Tgfb2-201ENSMUST00000045288 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Gm13312-201ENSMUST00000119631 718 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 AC153794.1-201ENSMUST00000169148 126 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Rgs7-203ENSMUST00000192227 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 CAAA01066804.1-201ENSMUST00000217800 611 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 4930451I11Rik-201ENSMUST00000061695 481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Serf2-201ENSMUST00000099475 525 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 E330011M16Rik-201ENSMUST00000193614 1794 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Dok4-201ENSMUST00000046461 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 H2-Q10-202ENSMUST00000174525 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Dyx1c1-201ENSMUST00000034734 1975 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Psip1-201ENSMUST00000030207 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Nagk-201ENSMUST00000037376 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Dohh-201ENSMUST00000072751 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Mif4gd-201ENSMUST00000021087 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Kptn-201ENSMUST00000006178 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Hmbs-201ENSMUST00000077353 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ncoa1-201ENSMUST00000085814 7329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Gna12-201ENSMUST00000000153 3416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Gm128-202ENSMUST00000107197 1289 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Rnf170-208ENSMUST00000153528 1026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ank1-201ENSMUST00000033947 1030 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Vps28Q9D1C8 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Slc16a3-202ENSMUST00000100130 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Rab37-202ENSMUST00000067754 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ubap1-202ENSMUST00000108060 2514 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Bard1-201ENSMUST00000027393 5659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Wdtc1-201ENSMUST00000043305 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Dcdc2c-206ENSMUST00000221349 2209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Agrn-206ENSMUST00000180572 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Kif21a-204ENSMUST00000109287 6124 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Pigz-201ENSMUST00000052174 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Agtr1a-201ENSMUST00000066412 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Zcchc17-202ENSMUST00000134159 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Kctd1-202ENSMUST00000168989 3456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Kank1-201ENSMUST00000049400 5637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Syngr2-206ENSMUST00000177131 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm36967-201ENSMUST00000193814 266 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Npw-202ENSMUST00000213213 531 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Klhl40-201ENSMUST00000098272 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Efemp2-204ENSMUST00000165485 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Gm9889-202ENSMUST00000206983 1577 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Vps28Q9D1C8 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.7 ms