Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Qprt-201ENSMUST00000032912 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Rgs3-203ENSMUST00000098031 2072 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ctage5-213ENSMUST00000176464 4434 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Trank1-201ENSMUST00000078626 10520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ogfr-201ENSMUST00000029087 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 AC133083.1-201ENSMUST00000221736 2209 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ptpa-201ENSMUST00000042055 2586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ggnbp2-203ENSMUST00000108081 3034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm16835-201ENSMUST00000140488 2809 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 4833413E03Rik-201ENSMUST00000013706 1091 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Calu-208ENSMUST00000173694 611 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Grin3b-201ENSMUST00000045085 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Rrp8-201ENSMUST00000033179 3053 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Spopl-203ENSMUST00000132484 6595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Scrt1-201ENSMUST00000096365 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Msi1-208ENSMUST00000150779 3133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ccdc84-202ENSMUST00000213813 2675 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Cacng2-201ENSMUST00000019290 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 6530402F18Rik-203ENSMUST00000155949 4301 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Fam8a1-201ENSMUST00000099547 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Agbl5-213ENSMUST00000201917 3579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Pip4k2a-201ENSMUST00000006912 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Opa3-202ENSMUST00000161711 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 E130307A14Rik-213ENSMUST00000155482 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 4930554C24Rik-202ENSMUST00000216019 1159 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Stpg1-201ENSMUST00000063707 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 B3gnt6-201ENSMUST00000098278 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Map4k5-202ENSMUST00000110567 4250 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ppp2r2d-207ENSMUST00000155672 1938 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Lsr-202ENSMUST00000098553 1930 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Insc-201ENSMUST00000117543 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Eefsec-201ENSMUST00000165242 2679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Slc23a3-201ENSMUST00000027405 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Nosip-201ENSMUST00000003513 1814 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Myo9b-203ENSMUST00000170242 7297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Arhgef9-216ENSMUST00000197206 2227 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Ino80e-203ENSMUST00000106343 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Tubgcp4-202ENSMUST00000110657 1992 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Tbc1d30-201ENSMUST00000064107 5695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Ddx28Q9CWT6 Rhoj-202ENSMUST00000118602 2396 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Chka-202ENSMUST00000072055 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Arf3-201ENSMUST00000053183 3579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Tdrd7-201ENSMUST00000102929 3716 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Senp7-211ENSMUST00000202000 3218 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 A930004D18Rik-201ENSMUST00000066163 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 4933435F18Rik-202ENSMUST00000154878 2174 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Chgb-201ENSMUST00000028826 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 1810041L15Rik-203ENSMUST00000189248 5296 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Sik2-201ENSMUST00000041375 3552 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Foxp4-201ENSMUST00000097311 3197 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Gpr161-202ENSMUST00000178700 1827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Adam23-204ENSMUST00000114103 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Shc1-202ENSMUST00000094378 2617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Stam2-202ENSMUST00000127316 1928 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Rusc1-203ENSMUST00000166687 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Camk2d-221ENSMUST00000171289 2217 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Lrrfip2-207ENSMUST00000197256 1819 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Hyls1-201ENSMUST00000115110 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Smim14-202ENSMUST00000121661 1056 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Ddx28Q9CWT6 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 55.6 ms