Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gch1-201ENSMUST00000089959 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Wdr13-202ENSMUST00000115623 1749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Uts2r-201ENSMUST00000039044 1703 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Foxc2-201ENSMUST00000054691 2725 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm26762-201ENSMUST00000180864 5284 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fads3-201ENSMUST00000115995 3269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm11355-201ENSMUST00000121120 306 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm38282-201ENSMUST00000192751 695 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pafah1b3-201ENSMUST00000005583 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Sept11-205ENSMUST00000201700 3478 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fam160b1-201ENSMUST00000036407 5630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Inpp5e-202ENSMUST00000114090 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Atxn7l3-201ENSMUST00000073234 3688 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pfkfb4-201ENSMUST00000051873 3316 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ror1-201ENSMUST00000039630 5762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Zdhhc18-201ENSMUST00000084238 4580 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Adra2c-201ENSMUST00000049545 3445 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Lman2l-202ENSMUST00000115011 2290 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Klc1-202ENSMUST00000118471 2272 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gnas-202ENSMUST00000087871 3903 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ttc13-202ENSMUST00000117624 3096 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Slc32a1-201ENSMUST00000045738 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Kbtbd2-201ENSMUST00000114321 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Nox4-202ENSMUST00000068829 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Map2k5-201ENSMUST00000034920 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Kctd6-202ENSMUST00000170111 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Eif4e2-205ENSMUST00000113232 1125 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm5587-201ENSMUST00000206270 674 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Tmem35b-201ENSMUST00000094712 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Krt83-201ENSMUST00000023718 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pskh1-201ENSMUST00000049699 3255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm37812-201ENSMUST00000195216 2475 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Wrb-201ENSMUST00000023913 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Atp5a1-201ENSMUST00000026495 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Cd151-203ENSMUST00000177840 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fbxl7-201ENSMUST00000059204 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Actr8-201ENSMUST00000016115 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Aftph-201ENSMUST00000035350 3998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Vangl2-202ENSMUST00000111263 6528 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Parg-204ENSMUST00000164137 3013 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Krt90-201ENSMUST00000023714 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pou2f2-202ENSMUST00000108413 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pde8b-214ENSMUST00000172104 2493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Rnf208-202ENSMUST00000114355 1333 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Phactr2-203ENSMUST00000105545 8556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Nmt2-203ENSMUST00000102989 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Olfr533-202ENSMUST00000211093 2397 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Megf11-210ENSMUST00000164113 6018 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Hnrnph3-203ENSMUST00000119814 682 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm8797-201ENSMUST00000192045 490 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pdcd2-201ENSMUST00000054450 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 2810408A11Rik-204ENSMUST00000108621 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ttyh1-217ENSMUST00000206869 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Atp8b2-210ENSMUST00000168276 4265 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gfy-201ENSMUST00000179443 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Il3ra-203ENSMUST00000224163 2315 ntAPPRIS P2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 BC030336-201ENSMUST00000060175 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Erich2-201ENSMUST00000100041 1749 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Cenpw-201ENSMUST00000099985 1532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gas5-203ENSMUST00000159119 665 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.5 ms