Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Htr7-202ENSMUST00000164639 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm37912-201ENSMUST00000191895 3076 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Afg3l2-201ENSMUST00000025408 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Neto1-201ENSMUST00000058829 3531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Bag4-201ENSMUST00000038498 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Rnf138-201ENSMUST00000052396 3110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Sybu-209ENSMUST00000228639 4113 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Mastl-201ENSMUST00000028119 5590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Camta1-202ENSMUST00000097774 8533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Tle3-218ENSMUST00000178113 5205 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Slc41a3-202ENSMUST00000044019 2412 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Wnk2-207ENSMUST00000159559 6584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Fam167a-201ENSMUST00000121288 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Ptpa-203ENSMUST00000113603 2169 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 AC174678.1-201ENSMUST00000228007 2749 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Dnajc1-209ENSMUST00000166495 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Rnd1-201ENSMUST00000003451 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Slc38a10-203ENSMUST00000076697 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Grin1os-201ENSMUST00000129723 2891 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Appbp2-201ENSMUST00000018625 6463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Itpripl1-201ENSMUST00000110386 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm11927-201ENSMUST00000118472 759 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 1810059C17Rik-201ENSMUST00000125173 487 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm8495-201ENSMUST00000188740 694 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm44549-201ENSMUST00000208351 577 ntBASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Zfp125-203ENSMUST00000208744 928 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm10814-201ENSMUST00000180505 1933 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Tyro3-201ENSMUST00000028763 3989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Ythdc2-201ENSMUST00000037763 7215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Map6-203ENSMUST00000122101 3233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Zfp36-202ENSMUST00000209061 2465 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Snx11-201ENSMUST00000021246 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Daxx-201ENSMUST00000079421 2580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Wwox-207ENSMUST00000160862 1715 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Cnnm2-201ENSMUST00000077666 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Rtn1-202ENSMUST00000078505 3629 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Myod1-201ENSMUST00000072514 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Fam76a-202ENSMUST00000097856 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Ralgapa1-201ENSMUST00000085385 7901 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Islr2-205ENSMUST00000170421 4071 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Zfp385b-202ENSMUST00000111829 2073 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Fam102a-201ENSMUST00000048375 4223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Fam124a-201ENSMUST00000039064 3558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Jtb-202ENSMUST00000119304 878 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm4285-201ENSMUST00000131222 902 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm19087-201ENSMUST00000191430 946 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm7514-201ENSMUST00000209475 934 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Id4-201ENSMUST00000021810 3849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 AC153937.1-201ENSMUST00000218734 412 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Hsbp1-201ENSMUST00000034300 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Dtd2-202ENSMUST00000085404 1012 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Adora2a-201ENSMUST00000105420 2596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Phax-202ENSMUST00000130163 1386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Amz2-202ENSMUST00000092500 2816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Fam178b-201ENSMUST00000114981 1659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 1700001O22Rik-201ENSMUST00000050003 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Vgll3-201ENSMUST00000168064 7009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Eif4g1-201ENSMUST00000044783 5444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Acbd5-204ENSMUST00000114529 3630 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Supt5-208ENSMUST00000209141 3755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Zbtb46-205ENSMUST00000180222 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Mcidas-201ENSMUST00000092089 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Agap1-202ENSMUST00000074945 10069 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Gm5934-201ENSMUST00000120734 2588 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Nhlh2-202ENSMUST00000196324 2647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Pde4d-207ENSMUST00000120664 4207 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
Rnf40Q3U319 Mrps18c-203ENSMUST00000112901 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Rfx5-207ENSMUST00000137088 4333 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Caml-201ENSMUST00000021963 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Pop7-201ENSMUST00000031728 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Prodh2-201ENSMUST00000058280 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Hist1h2ap-201ENSMUST00000081342 482 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Zfp202-203ENSMUST00000168832 3329 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Trappc12-203ENSMUST00000170994 2818 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 Car10-205ENSMUST00000107861 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
Rnf40Q3U319 A330074K22Rik-201ENSMUST00000183235 2489 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.5 ms