Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16759-204ENSMUST00000191455 4272 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Mdm1-204ENSMUST00000169817 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26526-201ENSMUST00000181075 2927 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr20-201ENSMUST00000064166 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Cyfip2-205ENSMUST00000165599 6659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Irak1-205ENSMUST00000114353 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Rb1-201ENSMUST00000022701 4656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Naa50-204ENSMUST00000161326 4487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Stxbp3-205ENSMUST00000138552 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc36-206ENSMUST00000216765 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl39-201ENSMUST00000116584 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Trim31-201ENSMUST00000078438 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Naf1-201ENSMUST00000118009 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Rasgrp2-201ENSMUST00000035716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Relt-201ENSMUST00000008462 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Derl3-202ENSMUST00000217811 1316 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Rprl3-201ENSMUST00000157400 290 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 9530052E02Rik-201ENSMUST00000180750 949 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29629-201ENSMUST00000187926 386 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Tm4sf5-201ENSMUST00000019063 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Ogfod2-207ENSMUST00000196627 532 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm33054-201ENSMUST00000216588 313 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Rhoc-201ENSMUST00000002303 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Pla2g12b-201ENSMUST00000009790 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d12-201ENSMUST00000037302 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Bcor-203ENSMUST00000115512 6887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Lrp6-201ENSMUST00000032322 9368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Lrp12-202ENSMUST00000110305 4244 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Lrch3-203ENSMUST00000135193 2794 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Fosl2-201ENSMUST00000031017 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Sufu-202ENSMUST00000111867 1747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Dguok-202ENSMUST00000113888 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15234-201ENSMUST00000141485 1058 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Dguok-201ENSMUST00000014698 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 AC153794.1-201ENSMUST00000169148 126 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 1700019N19Rik-201ENSMUST00000028299 970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h4j-201ENSMUST00000087714 774 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Lzts2-203ENSMUST00000179108 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Cnpy1-202ENSMUST00000118882 1984 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Zic3-202ENSMUST00000088629 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Brd3os-202ENSMUST00000209765 1898 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Crebzf-201ENSMUST00000061767 3376 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Dnlz-201ENSMUST00000028295 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Cnot9-201ENSMUST00000087215 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Pisd-201ENSMUST00000061895 2183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Inip-202ENSMUST00000107526 1438 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd4b3-201ENSMUST00000095749 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Lzts2-201ENSMUST00000039016 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc184-201ENSMUST00000031914 2329 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Kctd14-202ENSMUST00000121987 1210 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Bag2-203ENSMUST00000187602 378 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Vsig2-201ENSMUST00000002008 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45669-201ENSMUST00000209808 459 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38948-201ENSMUST00000210035 688 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Cbr2-201ENSMUST00000026148 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Rnf121-202ENSMUST00000096639 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Ccdc3Q9D6Y1 Smim10l1-201ENSMUST00000100864 2842 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mta1-201ENSMUST00000009099 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mms22l-202ENSMUST00000108222 4478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pid1-201ENSMUST00000168574 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mef2d-203ENSMUST00000107559 1791 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Pole4-201ENSMUST00000095786 1769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp142-201ENSMUST00000027315 6480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Sptbn4-202ENSMUST00000108362 4861 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Snx16-201ENSMUST00000029047 2288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Mamstr-201ENSMUST00000148532 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Npm1-201ENSMUST00000075641 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Prss8-201ENSMUST00000032988 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26596-201ENSMUST00000180464 2655 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Ccdc3Q9D6Y1 Emd-201ENSMUST00000002029 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.3 ms