Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Rgl3-201ENSMUST00000045726 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tlk2-204ENSMUST00000106941 3699 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ephb4-203ENSMUST00000111055 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Taf6l-206ENSMUST00000176610 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ginm1-201ENSMUST00000039763 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Clvs2-203ENSMUST00000160299 2610 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 1700034J05Rik-202ENSMUST00000111622 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 4732471J01Rik-202ENSMUST00000205787 991 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Nudt1-201ENSMUST00000050205 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Nudt1-202ENSMUST00000071881 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Hif3a-201ENSMUST00000037762 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Mettl21a-202ENSMUST00000114079 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ggnbp2-203ENSMUST00000108081 3034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Arhgap39-202ENSMUST00000077821 4494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Irak1-201ENSMUST00000033769 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Zfp385b-202ENSMUST00000111829 2073 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm10231-201ENSMUST00000181584 441 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Atp5g2-202ENSMUST00000185641 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 4933412L11Rik-201ENSMUST00000203702 1044 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm10175-202ENSMUST00000208752 441 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Sec61b-201ENSMUST00000065678 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Atp5g2-201ENSMUST00000075630 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Zpr1-206ENSMUST00000156440 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm10516-201ENSMUST00000180598 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Plekha7-210ENSMUST00000182834 5257 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Zkscan4-202ENSMUST00000225845 1506 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Apeh-206ENSMUST00000193254 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ryr2-203ENSMUST00000220597 4924 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Prss54-201ENSMUST00000052690 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Rnf26-208ENSMUST00000185479 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Plbd2-201ENSMUST00000031597 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Sil1-201ENSMUST00000025215 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Dmpk-203ENSMUST00000108474 2591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Dnajb11-204ENSMUST00000166487 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Fnbp1-204ENSMUST00000100208 1859 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Hnrnph3-203ENSMUST00000119814 682 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 AC156576.2-201ENSMUST00000222752 503 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ptbp2-213ENSMUST00000200097 3777 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Igf2-205ENSMUST00000121128 4722 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ckap4-201ENSMUST00000053871 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Cend1-202ENSMUST00000124444 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm4756-201ENSMUST00000207585 1716 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Dtx3-202ENSMUST00000116229 1994 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tfap2a-206ENSMUST00000224665 1958 ntAPPRIS ALT1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Lias-202ENSMUST00000122026 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Fhl3-201ENSMUST00000038684 1664 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ehmt2-204ENSMUST00000114033 3882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Fhl1-201ENSMUST00000023854 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Pde8b-208ENSMUST00000162292 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Mindy2-201ENSMUST00000049031 8081 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Commd7-202ENSMUST00000109782 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Spsb2-202ENSMUST00000052727 1219 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 BC024978-204ENSMUST00000179391 1748 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Mvk-201ENSMUST00000043760 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Hebp2-201ENSMUST00000020000 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Slc9a6-202ENSMUST00000114784 4449 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Ube2w-201ENSMUST00000117146 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Grb7-201ENSMUST00000019456 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Hnrnph1-202ENSMUST00000077817 2126 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Txnrd2-215ENSMUST00000206151 2874 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Kcng4-202ENSMUST00000164382 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tnnt2-202ENSMUST00000112085 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tnnt2-203ENSMUST00000112086 1094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tnnt2-204ENSMUST00000112087 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tnnt2-206ENSMUST00000178854 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tnnt2-211ENSMUST00000189355 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Gm26709-202ENSMUST00000223049 819 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Tmem128-201ENSMUST00000087511 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Acap3-201ENSMUST00000079031 4301 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Synpo-201ENSMUST00000097566 5060 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 A4galt-202ENSMUST00000164614 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Trim58Q5NCC9 March11-203ENSMUST00000152841 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.3 ms