Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3764-206ENSMUST00000181356 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44107-201ENSMUST00000203242 573 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Timm13-203ENSMUST00000218481 471 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Ifi27-204ENSMUST00000079294 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 1600017P15Rik-201ENSMUST00000083427 412 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37500-201ENSMUST00000192059 1443 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Psen2-203ENSMUST00000111105 1575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Olah-202ENSMUST00000115087 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Tm4sf4-201ENSMUST00000029377 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Piezo2-201ENSMUST00000046860 2849 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Abtb1-201ENSMUST00000032169 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx6-205ENSMUST00000112967 3378 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14140-201ENSMUST00000119999 995 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Mgarp-203ENSMUST00000141156 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Lgals3-203ENSMUST00000146468 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26517-201ENSMUST00000181279 1172 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl31-205ENSMUST00000194746 703 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Sox2ot-202ENSMUST00000196058 753 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2213-201ENSMUST00000197485 688 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10419-203ENSMUST00000197854 653 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem270-202ENSMUST00000201316 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18622-201ENSMUST00000219361 595 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Nfib-206ENSMUST00000107248 3294 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Hsf4-201ENSMUST00000036127 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd16a-201ENSMUST00000007251 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 E230001N04Rik-202ENSMUST00000181029 2091 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb24-201ENSMUST00000080771 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc8b-201ENSMUST00000035232 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Dpf3-205ENSMUST00000177801 1092 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Cda-201ENSMUST00000030535 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 AC122901.1-201ENSMUST00000214203 1790 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Ckb-201ENSMUST00000001304 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Ak5-201ENSMUST00000045262 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb2-212ENSMUST00000150063 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8909-203ENSMUST00000173353 1428 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Higd1b-202ENSMUST00000107072 497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Higd1b-203ENSMUST00000107073 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Higd1b-201ENSMUST00000021302 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 AC159093.1-201ENSMUST00000227779 380 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Glra1-201ENSMUST00000075603 2037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mtx2-201ENSMUST00000028511 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1a1-206ENSMUST00000165721 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cndp2-201ENSMUST00000025546 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cdv3-207ENSMUST00000190226 3107 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Fam76a-202ENSMUST00000097856 1863 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38575-203ENSMUST00000215824 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-203ENSMUST00000100334 2957 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Dap3-202ENSMUST00000107491 1375 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6184-201ENSMUST00000120403 1261 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpa-208ENSMUST00000131476 989 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13962-201ENSMUST00000131512 611 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43935-201ENSMUST00000203569 1050 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd16-201ENSMUST00000056108 1618 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx3-204ENSMUST00000130855 1925 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx3-201ENSMUST00000038217 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nagpa-201ENSMUST00000023911 2143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cnih1-201ENSMUST00000015903 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn11-201ENSMUST00000046174 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm12b2-202ENSMUST00000095143 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk7-203ENSMUST00000108714 3069 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g10-201ENSMUST00000023364 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26613-201ENSMUST00000180919 1457 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Inhba-202ENSMUST00000164993 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rassf7-208ENSMUST00000209500 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ivns1abp-203ENSMUST00000111887 2783 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14066-201ENSMUST00000134801 2057 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Cnn2-202ENSMUST00000105374 926 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c-202ENSMUST00000106530 836 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7222-201ENSMUST00000117512 906 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Banf1-202ENSMUST00000170010 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 1700025N23Rik-201ENSMUST00000186189 915 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Mipep-201ENSMUST00000063562 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc1-203ENSMUST00000212303 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Rgs9-202ENSMUST00000103062 1743 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Sept8-207ENSMUST00000147912 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Atg5-201ENSMUST00000039286 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17178-201ENSMUST00000163273 357 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd65-202ENSMUST00000165000 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5264-201ENSMUST00000190584 848 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10576-201ENSMUST00000191927 825 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45188-201ENSMUST00000207592 1369 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Ercc6l2-202ENSMUST00000021926 1592 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Tstd3-201ENSMUST00000029915 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Ccdc88bQ4QRL3 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.1 ms