Protein–RNA interactions for Protein: Q3UWA4

Trim40, Tripartite motif-containing protein 40, mousemouse

Predictions only

Length 246 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim40Q3UWA4 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Noc4l-201ENSMUST00000042147 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Disc1-206ENSMUST00000118942 2860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Mdga1-208ENSMUST00000171691 8339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Pmpca-201ENSMUST00000076431 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Pou2f2-201ENSMUST00000098679 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Mon1b-201ENSMUST00000035777 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Ephb1-203ENSMUST00000149800 3471 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Trim40Q3UWA4 Myo15b-202ENSMUST00000093911 9340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 B4galt7-201ENSMUST00000064701 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ndufaf3-201ENSMUST00000074208 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Hsdl2-201ENSMUST00000030078 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ace-201ENSMUST00000001963 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rmdn1-201ENSMUST00000029888 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nrg1-218ENSMUST00000209107 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Jade1-203ENSMUST00000168086 4790 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Snx8-204ENSMUST00000196130 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rd3-203ENSMUST00000181512 1760 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Mbp-206ENSMUST00000102812 2108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm45337-201ENSMUST00000210537 1267 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Grp-201ENSMUST00000025395 862 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Bnip2-202ENSMUST00000085393 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Tes-202ENSMUST00000115467 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Tlnrd1-201ENSMUST00000094216 4433 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Celf3-208ENSMUST00000198316 2505 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Smarcd1-201ENSMUST00000023759 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Tprn-201ENSMUST00000114336 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Dnajc2-204ENSMUST00000115195 1994 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Wipi1-201ENSMUST00000047186 3338 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Shank1-201ENSMUST00000107934 6477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nipal2-201ENSMUST00000040791 4331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 CT010444.2-201ENSMUST00000217877 1629 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rab10-201ENSMUST00000021001 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Tmx4-203ENSMUST00000110120 2602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm4756-201ENSMUST00000207585 1716 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Camkv-201ENSMUST00000035700 3277 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm15375-201ENSMUST00000119510 849 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 AC175538.2-202ENSMUST00000224997 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Tpm4-201ENSMUST00000003575 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nhlrc4-201ENSMUST00000085027 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ppp1r37-201ENSMUST00000058444 3816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Grin3b-201ENSMUST00000045085 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Fam149b-211ENSMUST00000224930 2716 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Spata18-202ENSMUST00000071077 1978 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Myb-203ENSMUST00000188495 3693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Wipf3-204ENSMUST00000132855 4516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rfx5-202ENSMUST00000107253 4367 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ehmt2-202ENSMUST00000078061 3746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ttll5-204ENSMUST00000110220 2655 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nfat5-211ENSMUST00000151114 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Irf3-213ENSMUST00000209066 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Chst10-201ENSMUST00000027249 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Mphosph8-201ENSMUST00000116468 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Crb3-202ENSMUST00000097299 1206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Zfp109-203ENSMUST00000206960 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Eda-206ENSMUST00000113779 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Arhgap8-201ENSMUST00000006029 1527 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 B3galt6-201ENSMUST00000052185 3184 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Snx1-201ENSMUST00000034946 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Hectd3-201ENSMUST00000050067 4583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Mbd6-201ENSMUST00000026476 4165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Epb41l1-204ENSMUST00000103137 6490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Nectin2-201ENSMUST00000075447 2735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Tnfaip2-201ENSMUST00000102745 3762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Trim40Q3UWA4 Gm26762-201ENSMUST00000180864 5284 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.4 ms