Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Pagr1a-202ENSMUST00000200948 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm42742-205ENSMUST00000202798 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tm9sf2-203ENSMUST00000171318 1494 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rnf38-203ENSMUST00000102934 5240 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Bicdl1-201ENSMUST00000055408 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ddhd2-206ENSMUST00000211688 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Wnt10b-207ENSMUST00000228594 1510 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Fhdc1-205ENSMUST00000194027 1648 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Pick1-206ENSMUST00000166155 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Dtx2-201ENSMUST00000005072 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Eefsec-201ENSMUST00000165242 2679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Sema6c-214ENSMUST00000202315 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Enah-210ENSMUST00000193074 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Atp2b2-201ENSMUST00000089003 7067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Bicd2-201ENSMUST00000048544 6309 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Stk33-201ENSMUST00000090414 2221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Guf1-202ENSMUST00000087228 3433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Kxd1-202ENSMUST00000117580 696 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rexo1-201ENSMUST00000057910 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gpr6-201ENSMUST00000061796 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Eml2-203ENSMUST00000120595 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Krt6a-201ENSMUST00000023788 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Polr3e-203ENSMUST00000207481 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Apaf1-202ENSMUST00000159110 6433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ppp2r5e-201ENSMUST00000021447 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rfx7-202ENSMUST00000163401 7880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tex30-206ENSMUST00000133677 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Dvl3-204ENSMUST00000171774 2319 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Cyp4f14-202ENSMUST00000179434 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm26756-201ENSMUST00000181689 1294 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm43073-201ENSMUST00000198200 1189 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Trim54-202ENSMUST00000202769 1408 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 AC132104.2-201ENSMUST00000215011 266 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Cmtm3-201ENSMUST00000034343 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Lzts2-201ENSMUST00000039016 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Wdtc1-201ENSMUST00000043305 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Cyp4f14-201ENSMUST00000054174 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Hdhd2-202ENSMUST00000097521 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gldc-201ENSMUST00000025778 3754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Foxp4-203ENSMUST00000113263 3156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Vopp1-201ENSMUST00000114297 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Pi4kb-202ENSMUST00000107251 2895 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tnfrsf25-201ENSMUST00000025706 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Babam1-201ENSMUST00000002473 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ube2i-207ENSMUST00000172868 2755 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Kctd14-202ENSMUST00000121987 1210 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Mkln1os-202ENSMUST00000144232 964 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rapgef3os1-201ENSMUST00000149373 483 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tulp3-205ENSMUST00000157005 1053 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tnnt2-205ENSMUST00000178204 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tnnt2-207ENSMUST00000179863 1097 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm26887-201ENSMUST00000181282 547 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tnnt2-209ENSMUST00000188028 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm43347-201ENSMUST00000200226 580 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm45669-201ENSMUST00000209808 459 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 AC120002.2-201ENSMUST00000220205 773 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm9857-201ENSMUST00000050914 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Dnajc19-201ENSMUST00000011029 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Slc44a1-201ENSMUST00000102911 3102 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Naf1-201ENSMUST00000118009 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rpf1-203ENSMUST00000199079 1978 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Fhl1-203ENSMUST00000114769 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Chn1-209ENSMUST00000166199 3876 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Txndc11-201ENSMUST00000038424 3095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Mybl2-201ENSMUST00000018005 3651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Bnipl-201ENSMUST00000098871 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Zfand5-201ENSMUST00000025659 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm16401-202ENSMUST00000197463 2074 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Ybx2-202ENSMUST00000108601 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Rpl3l-202ENSMUST00000170239 1375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm11841-201ENSMUST00000117060 1963 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Wbp2-202ENSMUST00000106444 1012 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm12536-201ENSMUST00000129102 358 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Enkd1-201ENSMUST00000013299 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Gm15545-203ENSMUST00000150613 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Mrpl36-203ENSMUST00000222030 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 Odf3b-201ENSMUST00000049968 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
ShhQ62226 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.8 ms