Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Acadvl-201ENSMUST00000018718 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ccdc154-201ENSMUST00000073277 2417 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gcnt4-201ENSMUST00000171324 5087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Hapln2-201ENSMUST00000005014 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Kdr-201ENSMUST00000113516 5924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Car10-203ENSMUST00000107858 2742 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Lhfp-203ENSMUST00000147139 1932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Pdap1-201ENSMUST00000031627 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Ddhd1-203ENSMUST00000111828 9802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Chst11-201ENSMUST00000040110 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Zc3h13-203ENSMUST00000227049 6144 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Lire1P11260 Papd4-205ENSMUST00000225868 3081 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Bcar1-201ENSMUST00000166232 3142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fbxo9-202ENSMUST00000085311 2155 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Slc29a4-201ENSMUST00000058418 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Prob1-201ENSMUST00000097619 3021 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tmem5-205ENSMUST00000140299 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Vps53-202ENSMUST00000094015 2645 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fhl1-203ENSMUST00000114769 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Prkcb-201ENSMUST00000064921 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ifnar1-202ENSMUST00000117748 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ccnd2-204ENSMUST00000201637 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Slc7a7-209ENSMUST00000226753 2126 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Crb2-201ENSMUST00000050372 6372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Kcnq2-217ENSMUST00000149964 8209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Prelid3a-201ENSMUST00000025411 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Wdr1-201ENSMUST00000005234 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Trappc3-201ENSMUST00000030660 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 D930048G16Rik-201ENSMUST00000180975 2266 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Rccd1-202ENSMUST00000121882 2324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Adat2-201ENSMUST00000019944 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 4932422M17Rik-201ENSMUST00000195992 2639 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Pim1-201ENSMUST00000024811 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Dhcr24-201ENSMUST00000047973 4028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 1810013L24Rik-201ENSMUST00000023150 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tcf3-209ENSMUST00000105345 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tnip2-202ENSMUST00000087737 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Capn15-205ENSMUST00000212520 5216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Mapk8ip3-208ENSMUST00000121787 5431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Nsmce3-201ENSMUST00000094331 5946 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Siglecf-203ENSMUST00000122423 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Spcs2-201ENSMUST00000036274 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Mepce-201ENSMUST00000031740 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Znhit1-203ENSMUST00000111090 698 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Snap91-204ENSMUST00000098495 4150 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Nfat5-211ENSMUST00000151114 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Cd151-202ENSMUST00000106000 1865 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Relt-201ENSMUST00000008462 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Slc39a11-203ENSMUST00000106633 2688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ndufa12-201ENSMUST00000020209 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ica1l-201ENSMUST00000027172 3650 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Btaf1-201ENSMUST00000099494 7204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Napa-201ENSMUST00000006181 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Erlec1-201ENSMUST00000073192 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Fgf13-201ENSMUST00000033473 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 March2-201ENSMUST00000066121 3400 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Pcsk6-201ENSMUST00000055576 4405 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
Lire1P11260 Ikbke-204ENSMUST00000161764 2867 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57.3 ms